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请问采用分子动力学在做离子与金属表面吸附模拟时，模型怎么建立？已有1人参与
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如题，我要模拟一个聚合物离子在Fe表面的吸附模拟，聚合物如图1，采用Compass力场。 1、那么Cl离子和铵根离子之间需要连接键吗 2、我看论坛上有人说用分子动力学的话，就不用对原子分配电荷了，力场会自动分配电荷，不知正确不。 3、在Discover设置里面，由于要对离子进行Minimize，还要对含有此离子的体系进行MD模拟，那么setup选项里面typing、non-bond和automation改怎么设置呢？ 希望大家能帮我解答一下这个问题，困扰我很久了，也希望月只蓝版主多多关照啊  图1.jpg  图2.png  图3.png  图4.png |
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送红花一朵
3楼2015-01-30 10:47:58
月只蓝
主管区长 (职业作家)
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专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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1、那么Cl离子和铵根离子之间需要连接键吗 回复：离子键，不需要连接。如果该聚合物会解离，且起主要作用。只建立阳离子部分模型即可。 2、我看论坛上有人说用分子动力学的话，就不用对原子分配电荷了，力场会自动分配电荷，不知正确不。 回复：如果选用的力场已经包含了该体系内所有粒子的参数，则电荷可选择力场分配“Forcefield assigned”。 3、在Discover设置里面，由于要对离子进行Minimize，还要对含有此离子的体系进行MD模拟，那么setup选项里面typing、non-bond和automation改怎么设置呢？ 回复：non-bond中的设置比较重要，库仑力（静电力）选择Ewad是必需的，范德华力选择 Atom based，截断半径根据你要模拟的精度来决定。 我在 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8472282 中已经建议阅读官方的教程，如果分子动力学模拟对你的课题很重要，再次建议你好好阅读一下MS分子动力学模块，比如Discover的帮助文档和教程，分子动力学参数设置、平衡、数据分析是最基本的知识，MD官方教程给了规范、可靠、权威的解答。 |
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2楼2015-01-30 09:38:14