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【求助】请问小分子片断拼接成新的分子应该用什么格式？
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| 想把几个小分子片断连接成一个新的分子，看了Sheridan的一篇文献，可还是不知道他具体用的什么方法，我试了下用smiles，出错概率太大了。小分子具体是用的什么格式？怎么对接的？ 挺急得，有没有高手能帮忙解答一下，万分感谢！！ |
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yalefield
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这个事情还是用链接表比较直观。 其基本操作其实很简单。 你的数据结构应该对应“链接表”，围绕它写出基本的操作，如增加一个原子，删除一个原子，在两个原子间增加一个键或删除一个键等等。 注意：删除一个原子，先要删除与该原子相连接的所有键。因此，你要仔细设计对应的函数。 在这个基础上，再写如何“合并”两个链接表。当然，每个链接表内部，都要先按照约定（Protocol）标记好。 国内做这方面的，俺知道有北京的周家驹、上海的姚建华、南开的林少凡。他们是自己（当然是学生们）编程序处理结构匹配、子结构搜索等问题。 其他人，也许做一点。更多的都是在用现成的软件。 |
9楼2008-06-08 04:37:28
yalefield
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2楼2008-06-06 17:13:46
whitewatercn
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没看太懂楼主的陈述,R基团+母核? 分子对接中的拼接? 拼接涉及到图论算法,把两个分子的文件直接并成一个文件可行吗? 初步想了一下,smils 似乎在理论上有可能把两个片断连成一个片断,但是要把第一个片断的连接点原子放在最后,把第二个片断的连接点原子放在最前面, 比如 CCO 乙醇 C(=O)c1ccccc1 苯甲酮 拼在一起成了CCOC(=O)c1ccccc1 苯甲酸乙酯 如果楼主懂点图论,connect table 啥的,会写点程序,那问题就简单了,管它什么文件格式. [ Last edited by whitewatercn on 2008-6-6 at 17:29 ] |
3楼2008-06-06 17:28:01
yalefield
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4楼2008-06-06 18:45:02