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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】请问小分子片断拼接成新的分子应该用什么格式？
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eiko829

[交流] 【求助】请问小分子片断拼接成新的分子应该用什么格式？

想把几个小分子片断连接成一个新的分子，看了Sheridan的一篇文献，可还是不知道他具体用的什么方法，我试了下用smiles，出错概率太大了。小分子具体是用的什么格式？怎么对接的？ 挺急得，有没有高手能帮忙解答一下，万分感谢！！
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1楼 2008-06-06 15:52:36
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢
这个事情还是用链接表比较直观。

其基本操作其实很简单。
你的数据结构应该对应“链接表”，围绕它写出基本的操作，如增加一个原子，删除一个原子，在两个原子间增加一个键或删除一个键等等。

注意：删除一个原子，先要删除与该原子相连接的所有键。因此，你要仔细设计对应的函数。

在这个基础上，再写如何“合并”两个链接表。当然，每个链接表内部，都要先按照约定（Protocol）标记好。

国内做这方面的，俺知道有北京的周家驹、上海的姚建华、南开的林少凡。他们是自己（当然是学生们）编程序处理结构匹配、子结构搜索等问题。
其他人，也许做一点。更多的都是在用现成的软件。
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9楼2008-06-08 04:37:28
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢
这个的确是比较有趣的问题.
常用的分子结构表达基本分为连接表和线性码两类（还有用矩阵的）。
前者的代表是MOL格式文件
后者则以SMILES比较典型

直接对分子结构进行拼、拆操作，需要一点图论知识。
线性码，其实也是先转化为连接表。

那么，你面临的问题是成品软件（商业化的或者免费的），都只能读、写整个的分子，而不能读、写分子碎片（这个有很多说法，如Substructure, Fragment）。

要完成这个任务，最好是自己编个小程序。
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2楼2008-06-06 17:13:46
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whitewatercn

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
没看太懂楼主的陈述,R基团+母核? 分子对接中的拼接?
拼接涉及到图论算法,把两个分子的文件直接并成一个文件可行吗?
初步想了一下,smils 似乎在理论上有可能把两个片断连成一个片断,但是要把第一个片断的连接点原子放在最后,把第二个片断的连接点原子放在最前面,  
比如
CCO  乙醇
C(=O)c1ccccc1 苯甲酮
拼在一起成了CCOC(=O)c1ccccc1  苯甲酸乙酯


如果楼主懂点图论,connect table 啥的,会写点程序,那问题就简单了,管它什么文件格式.

[ Last edited by whitewatercn on 2008-6-6 at 17:29 ]
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3楼2008-06-06 17:28:01
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
如果仅仅是通过C-C单键拼接，问题也算简单。
但是，如果涉及环，或者更复杂的情况，那可是比较麻烦的。

Daylight公司有全套的处理SMILES的软件，不过价格是相当的高啦。
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4楼2008-06-06 18:45:02
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