| 查看: 668 | 回复: 9 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】请问小分子片断拼接成新的分子应该用什么格式？
|
|||
| 想把几个小分子片断连接成一个新的分子，看了Sheridan的一篇文献，可还是不知道他具体用的什么方法，我试了下用smiles，出错概率太大了。小分子具体是用的什么格式？怎么对接的？ 挺急得，有没有高手能帮忙解答一下，万分感谢！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
津理工大学晶体材料全国重点实验室刘红军教授课题组招收博士生一名
已经有0人回复
-
【原创讨论】从电子约束到物质编辑：一套可迭代的环形磁场科技树
已经有0人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有169人回复
-
【方案分享】单环磁场+轴心控制+偏转导出电子束约束系统（可行性实验）
已经有6人回复
-
【修正版】单环用磁约束低速电子实验方案（简化版）
已经有0人回复
-
桂林理工大学物理学专业招收调剂，还有三个名额！！！
已经有22人回复
-
考博自荐
已经有4人回复
-
山东大学第二批博士研究生招生
已经有0人回复
-
中国科学院东莞材料科学与技术研究所-2026年博士招生-吴昊研究员-磁学与自旋电子学
已经有0人回复
-
《电磁学》教材推荐
已经有1人回复
-
【急招】合肥工大核聚变材料计算方向2026级工程博士生
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 计算强帖: 2
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
4楼2008-06-06 18:45:02
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 计算强帖: 2
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
2楼2008-06-06 17:13:46
whitewatercn
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 199.8
- 红花: 2
- 帖子: 245
- 在线: 10.3小时
- 虫号: 210802
- 注册: 2006-03-07
- 性别: GG
- 专业: 化学信息学、药物设计
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
|
没看太懂楼主的陈述,R基团+母核? 分子对接中的拼接? 拼接涉及到图论算法,把两个分子的文件直接并成一个文件可行吗? 初步想了一下,smils 似乎在理论上有可能把两个片断连成一个片断,但是要把第一个片断的连接点原子放在最后,把第二个片断的连接点原子放在最前面, 比如 CCO 乙醇 C(=O)c1ccccc1 苯甲酮 拼在一起成了CCOC(=O)c1ccccc1 苯甲酸乙酯 如果楼主懂点图论,connect table 啥的,会写点程序,那问题就简单了,管它什么文件格式. [ Last edited by whitewatercn on 2008-6-6 at 17:29 ] |
3楼2008-06-06 17:28:01
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
|
其实很多软件都能完成楼主的需要： 比如http://www.molsoft.com/chemistry.html ICM-Chemistry provides a rich cheminformatics environment allowing you to build, view and manipulate chemical structures. This product seamlessly interacts with the ICM-Pro graphical user interface and command line allowing you to link biological structures with chemistry functions. These tools are ideal for structure-based or ligand-based virtual screening experiments and lead optimization projects. A useful companion to ICM-Chemistry is MolCart and MolCart Compounds. |
5楼2008-06-07 03:37:20