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【求助】请问小分子片断拼接成新的分子应该用什么格式？
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| 想把几个小分子片断连接成一个新的分子，看了Sheridan的一篇文献，可还是不知道他具体用的什么方法，我试了下用smiles，出错概率太大了。小分子具体是用的什么格式？怎么对接的？ 挺急得，有没有高手能帮忙解答一下，万分感谢！！ |
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yalefield
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4楼2008-06-06 18:45:02
yalefield
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2楼2008-06-06 17:13:46
whitewatercn
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
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没看太懂楼主的陈述,R基团+母核? 分子对接中的拼接? 拼接涉及到图论算法,把两个分子的文件直接并成一个文件可行吗? 初步想了一下,smils 似乎在理论上有可能把两个片断连成一个片断,但是要把第一个片断的连接点原子放在最后,把第二个片断的连接点原子放在最前面, 比如 CCO 乙醇 C(=O)c1ccccc1 苯甲酮 拼在一起成了CCOC(=O)c1ccccc1 苯甲酸乙酯 如果楼主懂点图论,connect table 啥的,会写点程序,那问题就简单了,管它什么文件格式. [ Last edited by whitewatercn on 2008-6-6 at 17:29 ] |
3楼2008-06-06 17:28:01
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
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其实很多软件都能完成楼主的需要： 比如http://www.molsoft.com/chemistry.html ICM-Chemistry provides a rich cheminformatics environment allowing you to build, view and manipulate chemical structures. This product seamlessly interacts with the ICM-Pro graphical user interface and command line allowing you to link biological structures with chemistry functions. These tools are ideal for structure-based or ligand-based virtual screening experiments and lead optimization projects. A useful companion to ICM-Chemistry is MolCart and MolCart Compounds. |
5楼2008-06-07 03:37:20
