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【求助】请问小分子片断拼接成新的分子应该用什么格式？
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| 想把几个小分子片断连接成一个新的分子，看了Sheridan的一篇文献，可还是不知道他具体用的什么方法，我试了下用smiles，出错概率太大了。小分子具体是用的什么格式？怎么对接的？ 挺急得，有没有高手能帮忙解答一下，万分感谢！！ |
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yalefield
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2楼2008-06-06 17:13:46
whitewatercn
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没看太懂楼主的陈述,R基团+母核? 分子对接中的拼接? 拼接涉及到图论算法,把两个分子的文件直接并成一个文件可行吗? 初步想了一下,smils 似乎在理论上有可能把两个片断连成一个片断,但是要把第一个片断的连接点原子放在最后,把第二个片断的连接点原子放在最前面, 比如 CCO 乙醇 C(=O)c1ccccc1 苯甲酮 拼在一起成了CCOC(=O)c1ccccc1 苯甲酸乙酯 如果楼主懂点图论,connect table 啥的,会写点程序,那问题就简单了,管它什么文件格式. [ Last edited by whitewatercn on 2008-6-6 at 17:29 ] |
3楼2008-06-06 17:28:01
yalefield
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4楼2008-06-06 18:45:02
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其实很多软件都能完成楼主的需要： 比如http://www.molsoft.com/chemistry.html ICM-Chemistry provides a rich cheminformatics environment allowing you to build, view and manipulate chemical structures. This product seamlessly interacts with the ICM-Pro graphical user interface and command line allowing you to link biological structures with chemistry functions. These tools are ideal for structure-based or ligand-based virtual screening experiments and lead optimization projects. A useful companion to ICM-Chemistry is MolCart and MolCart Compounds. |
5楼2008-06-07 03:37:20
yalefield
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其实很多人对这个问题有个误会。 以组合分子库（Combinatorial Library）为例。 很多软件都有这个功能，除5楼说的MolSoft，还有Accelrys Accord、CDK、JChem等开发包，Sybyl、MOE等当然也可以。其功能是对骨架上的一些标定的点（也就是结构通式上的R1, R2......），用若干小分子片段来代替，从而组合性地衍生出很多结构。 不过，在使用时，需要在骨架和小分子片段上各自定义Attachment， 骨架上，就是化学上常用的R符号； 小分子片段，则需要特别需要在那个与骨架相结合的原子上做个标记。 问题就出在这里。 （1）怎么在小分子的某个原子上作标记？ 前面说过的那些软件都可以，实际上，就是在连接表的原子记录上变一个数字而已 你也可以自己用记事本（Notepad）之类的文本编辑，直接打开MOL文件修改。 （2）做了标记，其他的软件是否能读？ 做了标记的分子，虽然ChemDraw之类的能读出结构、显示， 但是，却不识别那标记的意思。只有专门设计的软件才行。 （3）容易出现的问题 假设苯是骨架，现在想添一个乙基，做成乙苯。 那么，苯上的一个氢就要作为R（而不是苯上的C!） 而乙基上的Attachment，也要考虑是C还是H 这涉及不同的“协议”。 A) 如果约定，用C做Attachment，那就先删掉它上面的一个H，再与苯上那个与R相连的C之间形成单键，而苯上的那个R也删去。 B) 如果约定，用H做Attachment，那么就是删去这个H，而让与该H相连的C与苯上那个与R相连的C之间形成单键，而苯上的那个R也删去。 不管怎样，都要小心。很容易“多”或者“少”一个原子。 此外，如果在上述操作的过程中需要存贮，那么你就可能会遇到“格式错误”。 用文本编辑不会有这个问题，可是ChemDraw却不认识这种“错误”的文件。 [ Last edited by yalefield on 2008-6-7 at 04:45 ] |
6楼2008-06-07 04:43:52
7楼2008-06-08 00:32:55
8楼2008-06-08 00:37:38
yalefield
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这个事情还是用链接表比较直观。 其基本操作其实很简单。 你的数据结构应该对应“链接表”，围绕它写出基本的操作，如增加一个原子，删除一个原子，在两个原子间增加一个键或删除一个键等等。 注意：删除一个原子，先要删除与该原子相连接的所有键。因此，你要仔细设计对应的函数。 在这个基础上，再写如何“合并”两个链接表。当然，每个链接表内部，都要先按照约定（Protocol）标记好。 国内做这方面的，俺知道有北京的周家驹、上海的姚建华、南开的林少凡。他们是自己（当然是学生们）编程序处理结构匹配、子结构搜索等问题。 其他人，也许做一点。更多的都是在用现成的软件。 |
9楼2008-06-08 04:37:28
whitewatercn
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楼主如果用mol2格式的话,只要把mol2格式搞明白,就知道所谓图论是怎么回事了 就是一个表示原子的数组,@ 和一个表示键的数组,@ 可以用perl之类的脚本语言直接对mol2文件进行一系列操作,把两个或多个mol2文件并成一个文件, 1.把@ 2.把@ |
10楼2008-06-10 08:55:48