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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS如文献的建模问题
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
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10楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-23 13:13:22
非常感谢您的回答！
还有几个问题想请教您一下：
1.我将二乙烯苯的乙烯上的C上的H原子删掉后利用caculate bonds自动成键，它们又重新生成了双键，不是互相交联的，这样怎么办？至于您说的手动画，如果单体的个数 ...

calculate bonds的控制是Bond-length tolerance，不过我不太会用，而且允许的范围是0-2，也就是说最多只会给2倍理想键长范围内的原子成键，显然是远远小于4-10A的。所以可能即使设置了 tolerance，还是无法满足文献要求。

MS支持perl编程，perl或许可以实现这种过程，不过我不会。就我所知道的，貌似是没什么模块可以自动pair found——form bond——dynamic的循环过程。

为了手动成键方便点，可以考虑那两个可交联C原子在AC之前用其他颜色标记或设定set
CODE:
TolFaclower × ideal distance < distance < TolFacupper × ideal distance
where
distance= distance between the two atoms forming the bond.
TolFaclower = lower tolerance factor. The lower tolerance factor is set using the Bond-length tolerance options on the Bond Calculation dialog.
TolFacupper = upper tolerance factor. The upper tolerance factor is set using the Bond-length tolerance options on the Bond Calculation dialog.

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iljosie
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
11楼2015-01-23 15:25:55
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iljosie

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-23 15:25:55
calculate bonds的控制是Bond-length tolerance，不过我不太会用，而且允许的范围是0-2，也就是说最多只会给2倍理想键长范围内的原子成键，显然是远远小于4-10A的。所以可能即使设置了 tolerance，还是无法满足文献 ...

非常谢谢您的回复！
还有几个问题麻烦您一些，十分感谢！
怎样判断与某一C原子距离为4-10A内的其他C原子的个数呢？需要每两个之间来测量距离吗？
当手动连好某两个C原子后，立刻对其进行优化？还是把所有的都连好以后再优化？
期待您的回答，谢谢！！
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12楼2015-01-28 14:53:43
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
12楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-28 14:53:43
非常谢谢您的回复！
还有几个问题麻烦您一些，十分感谢！
怎样判断与某一C原子距离为4-10A内的其他C原子的个数呢？需要每两个之间来测量距离吗？
当手动连好某两个C原子后，立刻对其进行优化？还是把所有的都连 ...

距离可能只有自己判断了
比如先连接4A左右的C
继续平衡，寻找4A左右的C
等4A左右的找不到以后再找5A6A左右的
直到最后一点也找不到可连接的，结束
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13楼2015-01-28 15:07:43
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iljosie

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 15:07:43
距离可能只有自己判断了
比如先连接4A左右的C
继续平衡，寻找4A左右的C
等4A左右的找不到以后再找5A6A左右的
直到最后一点也找不到可连接的，结束...

非常感谢您的回答！
平衡是用Discover 的动力学吗？
Discover的动力学和Forcite的动力学有什么区别呢？
再次感谢！
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14楼2015-01-28 15:28:01
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
14楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-28 15:28:01
非常感谢您的回答！
平衡是用Discover 的动力学吗？
Discover的动力学和Forcite的动力学有什么区别呢？
再次感谢！...

平衡的话discover和forcite都可以，我没深入了解过，除了力场forcite多点，我看不出区别
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15楼2015-01-28 17:03:07
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-28 15:28:01
非常感谢您的回答！
平衡是用Discover 的动力学吗？
Discover的动力学和Forcite的动力学有什么区别呢？
再次感谢！...

你好！我想问一下你的那个交联的模拟做的怎么样？可以请教你一些问题吗？  
谢谢大神了！
我是做双酚类在环氧树脂中迁移的，我看到吴超富的文献中先是建模环氧树脂模型，然后把单体放到环氧树脂模型中，然后走均方位移获得分配系数！但是，我在尝试的时候，发现就算做好环氧树脂的模型，但是，没有办法吧双酚类单体放到环氧树脂的模型中，说结构不正确。
我想知道你是如何做环氧树脂的模型的，想要寻求一些帮助！
谢谢！
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16楼2015-08-02 18:15:19
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