应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS如文献的建模问题
52/1返回列表
查看: 3559  |  回复: 15
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

iljosie

金虫 (小有名气)

[求助] MS如文献的建模问题

对于超高交联聚合物的建模，文献中是先将单体放入到盒子中，然后对盒子里的单体进行反应。和以往的进行build-build polymers-Homopolymer不一样。如图所示。请问这个功能在哪里实现？还是需要自己编程？
我已将单体放入到盒子中，但是接下来的步骤不知道怎么继续，求大神们指点。

MS如文献的建模问题
1.JPG
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼2015-01-20 11:02:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
12楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-28 14:53:43
非常谢谢您的回复！
还有几个问题麻烦您一些，十分感谢！
怎样判断与某一C原子距离为4-10A内的其他C原子的个数呢？需要每两个之间来测量距离吗？
当手动连好某两个C原子后，立刻对其进行优化？还是把所有的都连 ...

距离可能只有自己判断了
比如先连接4A左右的C
继续平衡，寻找4A左右的C
等4A左右的找不到以后再找5A6A左右的
直到最后一点也找不到可连接的，结束
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
13楼2015-01-28 15:07:43
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-23 10:55:01
iljosie(月只蓝代发): 金币+3 2015-01-23 10:55:05
引用回帖:
2楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-20 14:39:10
自己顶一个先

我的理解，这个流程图只是一个建模思路，一般的建模软件都可以适用，其中的判断步骤可以写程序也可以自己手动判断

我查了一些epoxy交联建模的文献
A Molecular Dynamics Study of Epoxy-Based Networks Cross-Linking Procedure and Prediction of Molecular and Material Properties 也有类似的流程图
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-01-21 14:19:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-23 10:54:06
iljosie(月只蓝代发): 金币+10, 感谢您的帮助！ 2015-01-23 10:54:21
月只蓝: 金币+10, 感谢您对分子模拟版块的付出！ 2015-01-23 10:54:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-21 14:19:30
我的理解，这个流程图只是一个建模思路，一般的建模软件都可以适用，其中的判断步骤可以写程序也可以自己手动判断

我查了一些epoxy交联建模的文献
A Molecular Dynamics Study of Epoxy-Based Networks Cross- ...

Atomistic molecular modelling of crosslinked epoxy resin
有一个可以参考的建模过程
思路是把反应单体处理为active结构
放到AC盒子里
动力学模块跑平衡-equilibration过程
观察可反应点间距是否在可交联范围-pair found过程（cutoff，好像一些文献会出4-10A）
可交联点连接起来-form bond过程
重复跑平衡——交联——平衡——交联过程

最后模型建好后需要模拟一些性能与实验数据比对

附件是一些文献 或许对你建模有帮助
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-01-21 14:30:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iljosie

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-21 14:30:46
Atomistic molecular modelling of crosslinked epoxy resin
有一个可以参考的建模过程
思路是把反应单体处理为active结构
放到AC盒子里
动力学模块跑平衡-equilibration过程
观察可反应点间距是否在可交联范 ...

非常感谢您的回答！这几篇文章对我非常有用，思路也清晰了。
但是我还是有几个地方想请教一下：
无论是其他文献还是湖南大学吴超富对环氧树脂的建模过程，它们里面都涉及到将单体处理为active结构。请问这个active怎么建立？例如，单体为二乙烯苯，其active结构如图所示，这个结构在MS中建立过程是怎样的？-CH-CH2-这个结构怎么表示？

再次感谢您！
MS如文献的建模问题-1
1.JPG
赞一下 回复此楼
5楼2015-01-21 15:39:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭