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iljosie

金虫 (小有名气)

[求助] MS如文献的建模问题

对于超高交联聚合物的建模，文献中是先将单体放入到盒子中，然后对盒子里的单体进行反应。和以往的进行build-build polymers-Homopolymer不一样。如图所示。请问这个功能在哪里实现？还是需要自己编程？
我已将单体放入到盒子中，但是接下来的步骤不知道怎么继续，求大神们指点。

MS如文献的建模问题
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1楼2015-01-20 11:02:18
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
10楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-23 13:13:22
非常感谢您的回答！
还有几个问题想请教您一下：
1.我将二乙烯苯的乙烯上的C上的H原子删掉后利用caculate bonds自动成键，它们又重新生成了双键，不是互相交联的，这样怎么办？至于您说的手动画，如果单体的个数 ...

calculate bonds的控制是Bond-length tolerance，不过我不太会用，而且允许的范围是0-2，也就是说最多只会给2倍理想键长范围内的原子成键，显然是远远小于4-10A的。所以可能即使设置了 tolerance，还是无法满足文献要求。

MS支持perl编程，perl或许可以实现这种过程，不过我不会。就我所知道的，貌似是没什么模块可以自动pair found——form bond——dynamic的循环过程。

为了手动成键方便点，可以考虑那两个可交联C原子在AC之前用其他颜色标记或设定set
CODE:
TolFaclower × ideal distance < distance < TolFacupper × ideal distance
where
distance= distance between the two atoms forming the bond.
TolFaclower = lower tolerance factor. The lower tolerance factor is set using the Bond-length tolerance options on the Bond Calculation dialog.
TolFacupper = upper tolerance factor. The upper tolerance factor is set using the Bond-length tolerance options on the Bond Calculation dialog.

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iljosie
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
11楼2015-01-23 15:25:55
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-23 10:55:01
iljosie(月只蓝代发): 金币+3 2015-01-23 10:55:05
引用回帖:
2楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-20 14:39:10
自己顶一个先

我的理解，这个流程图只是一个建模思路，一般的建模软件都可以适用，其中的判断步骤可以写程序也可以自己手动判断

我查了一些epoxy交联建模的文献
A Molecular Dynamics Study of Epoxy-Based Networks Cross-Linking Procedure and Prediction of Molecular and Material Properties 也有类似的流程图
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3楼2015-01-21 14:19:30
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-23 10:54:06
iljosie(月只蓝代发): 金币+10, 感谢您的帮助！ 2015-01-23 10:54:21
月只蓝: 金币+10, 感谢您对分子模拟版块的付出！ 2015-01-23 10:54:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-21 14:19:30
我的理解，这个流程图只是一个建模思路，一般的建模软件都可以适用，其中的判断步骤可以写程序也可以自己手动判断

我查了一些epoxy交联建模的文献
A Molecular Dynamics Study of Epoxy-Based Networks Cross- ...

Atomistic molecular modelling of crosslinked epoxy resin
有一个可以参考的建模过程
思路是把反应单体处理为active结构
放到AC盒子里
动力学模块跑平衡-equilibration过程
观察可反应点间距是否在可交联范围-pair found过程（cutoff，好像一些文献会出4-10A）
可交联点连接起来-form bond过程
重复跑平衡——交联——平衡——交联过程

最后模型建好后需要模拟一些性能与实验数据比对

附件是一些文献 或许对你建模有帮助
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-01-21 14:30:46
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iljosie

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-21 14:30:46
Atomistic molecular modelling of crosslinked epoxy resin
有一个可以参考的建模过程
思路是把反应单体处理为active结构
放到AC盒子里
动力学模块跑平衡-equilibration过程
观察可反应点间距是否在可交联范 ...

非常感谢您的回答！这几篇文章对我非常有用，思路也清晰了。
但是我还是有几个地方想请教一下：
无论是其他文献还是湖南大学吴超富对环氧树脂的建模过程，它们里面都涉及到将单体处理为active结构。请问这个active怎么建立？例如，单体为二乙烯苯，其active结构如图所示，这个结构在MS中建立过程是怎样的？-CH-CH2-这个结构怎么表示？

再次感谢您！
MS如文献的建模问题-1
1.JPG
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5楼2015-01-21 15:39:05
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