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关于RAxML，BlackBox ML分析 已有1人参与
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求问：RAxML BlackBox怎么使用不同基因进化速率的不同模型进行ML分析？具体参数应该如何设置？在线等，特别急！谢谢 |
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4楼2017-08-04 09:27:44
飞约疯人院
专家顾问 (著名写手)
科学怪人
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专家经验: +140 - MolEPI: 2
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-01-18 15:07:41
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-01-18 15:07:41
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若当前已经有比对好的序列，名为 test1.phy 文件 raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA out1 -s test1.phy -f d -q gennames -n TEST 将以上语句粘贴到记事本中，另存为 test1.bat 文件，保存到 raxmlHPC.exe 相同的文件夹，双击 test1.bat 即可运行。 运行结束后，程序将自动关闭。 -x 用快速方法进行 Bootstrap -p 设定随机数 -# Bootstrap100 次 -m GTRGAMMA 模型 -o out1 将 out1 序列设置为外类群 -s test1.phy 输入的 phy 文件为 ex_al.phy -n TEST 输出的各结果文件中包含 TEST -q gennames 设定的基因的各位点分割位置 -f d rapid hill-climbing algorithm |
2楼2015-01-18 11:15:57
3楼2015-01-21 18:14:30
