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cauTmac

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[求助] 关于RAxML，BlackBox ML分析已有1人参与

求问：RAxML BlackBox怎么使用不同基因进化速率的不同模型进行ML分析？具体参数应该如何设置？在线等，特别急！谢谢

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1楼 2015-01-18 09:21:44

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飞约疯人院

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科学怪人

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-01-18 15:07:41

若当前已经有比对好的序列，名为 test1.phy 文件

raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA out1 -s test1.phy -f d -q gennames -n TEST

将以上语句粘贴到记事本中，另存为 test1.bat 文件，保存到 raxmlHPC.exe 相同的文件夹，双击 test1.bat 即可运行。  运行结束后，程序将自动关闭。

-x 用快速方法进行 Bootstrap

-p 设定随机数

-# Bootstrap100 次

-m GTRGAMMA  模型

-o out1 将 out1 序列设置为外类群

-s test1.phy  输入的 phy 文件为  ex_al.phy

-n TEST  输出的各结果文件中包含 TEST

-q gennames  设定的基因的各位点分割位置

-f d rapid hill-climbing algorithm

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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。

2楼2015-01-18 11:15:57

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cauTmac

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2015-01-18 11:15:57
若当前已经有比对好的序列，名为 test1.phy 文件

raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA out1 -s test1.phy -f d -q gennames -n TEST

将以上语句粘贴到记事本中，另存为 test1.bat 文件，保存到 ...

这个我知道啊，但是怎么每个基因分开选模？

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3楼2015-01-21 18:14:30

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