| 查看: 1829 | 回复: 3 | ||||
[求助]
关于RAxML，BlackBox ML分析 已有1人参与
|
求问：RAxML BlackBox怎么使用不同基因进化速率的不同模型进行ML分析？具体参数应该如何设置？在线等，特别急！谢谢 |
回复此楼» 猜你喜欢
莫那利珠单抗阻断NKG2A/HLA-E抑制通路 | Biochempartner
已经有0人回复
-
GSPT1口服分子胶降解剂MRT-2359 | Biochempartner
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有71人回复
-
碳青霉烯类抗生素为何需联用西司他丁钠？ | Biochempartner
已经有0人回复
-
源自蕨类植物的抗炎美白活性分子去甲氧基荚果蕨素 | Biochempartner
已经有0人回复
-
肠道里的"代谢开关"：Fexaramine用肠道限制性重新定义 FXR 激动剂
已经有0人回复
-
DMXAA：从血管破坏剂到STING通路研究的关键工具分子 | Biochempartner
已经有0人回复
-
靶向PD-L1的人源化单克隆抗体阿特珠单抗
已经有0人回复
-
"探针之父"(+)-JQ-1如何改变表观遗传研究 | Biochempartner
已经有0人回复
-
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
飞约疯人院
专家顾问 (著名写手)
科学怪人
-
专家经验: +140 - MolEPI: 2
- 应助: 308 (大学生)
- 金币: 1087.5
- 散金: 8294
- 红花: 65
- 沙发: 5
- 帖子: 1996
- 在线: 266.1小时
- 虫号: 3188421
- 注册: 2014-05-07
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-01-18 15:07:41
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-01-18 15:07:41
|
若当前已经有比对好的序列，名为 test1.phy 文件 raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA out1 -s test1.phy -f d -q gennames -n TEST 将以上语句粘贴到记事本中，另存为 test1.bat 文件，保存到 raxmlHPC.exe 相同的文件夹，双击 test1.bat 即可运行。 运行结束后，程序将自动关闭。 -x 用快速方法进行 Bootstrap -p 设定随机数 -# Bootstrap100 次 -m GTRGAMMA 模型 -o out1 将 out1 序列设置为外类群 -s test1.phy 输入的 phy 文件为 ex_al.phy -n TEST 输出的各结果文件中包含 TEST -q gennames 设定的基因的各位点分割位置 -f d rapid hill-climbing algorithm |
2楼2015-01-18 11:15:57
3楼2015-01-21 18:14:30
4楼2017-08-04 09:27:44