| 查看: 1809 | 回复: 3 | ||||
[求助]
关于RAxML，BlackBox ML分析 已有1人参与
|
求问：RAxML BlackBox怎么使用不同基因进化速率的不同模型进行ML分析？具体参数应该如何设置？在线等，特别急！谢谢 |
回复此楼» 猜你喜欢
透明质酸酶的作用机制：如何实现药物递送
已经有0人回复
-
爱思维尔旗下LWT投稿
已经有9人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有79人回复
-
替拉扎明为缺氧选择性细胞毒药物研究提供新思路
已经有0人回复
-
拉坦前列腺素(Latanoprost)：前列腺素F2α衍生物如何成为青光眼一线用药
已经有0人回复
-
卟啉家族中的明星分子：MESO-四(3,5-二溴-4-羟基苯基)卟啉的性质与制备
已经有1人回复
-
宠物寄生虫防治：氟雷拉纳阻断GABA受体，持效12周驱杀跳蚤蜱虫
已经有0人回复
-
为呼吸打开通道：依伐卡托的科学之旅
已经有1人回复
-
Dordaviprone（ONC201）：小分子药物在中线胶质瘤中的应用
已经有0人回复
-
依喜替康：新型喜树碱衍生物的研究进展
已经有1人回复
-
膀胱癌靶向治疗新选择：厄达替尼作用机制与耐药研究进展
已经有0人回复
飞约疯人院
专家顾问 (著名写手)
科学怪人
-
专家经验: +140 - MolEPI: 2
- 应助: 308 (大学生)
- 金币: 1083.5
- 散金: 8294
- 红花: 65
- 沙发: 5
- 帖子: 1996
- 在线: 266.1小时
- 虫号: 3188421
- 注册: 2014-05-07
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-01-18 15:07:41
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-01-18 15:07:41
|
若当前已经有比对好的序列，名为 test1.phy 文件 raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA out1 -s test1.phy -f d -q gennames -n TEST 将以上语句粘贴到记事本中，另存为 test1.bat 文件，保存到 raxmlHPC.exe 相同的文件夹，双击 test1.bat 即可运行。 运行结束后，程序将自动关闭。 -x 用快速方法进行 Bootstrap -p 设定随机数 -# Bootstrap100 次 -m GTRGAMMA 模型 -o out1 将 out1 序列设置为外类群 -s test1.phy 输入的 phy 文件为 ex_al.phy -n TEST 输出的各结果文件中包含 TEST -q gennames 设定的基因的各位点分割位置 -f d rapid hill-climbing algorithm |
2楼2015-01-18 11:15:57
3楼2015-01-21 18:14:30
4楼2017-08-04 09:27:44
5