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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】问个结构优化坐标的问题
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52nana

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】问个结构优化坐标的问题

最近看一些计算的文章中通常有这么一句话：
“为了得到稳定精确的计算结果，我们先优化晶胞的结构，得到晶胞参数后，再优化其内坐标，在此基础上再计算单点能。”

问题是：
“我们”到底是怎么做到“优化内坐标”的？
真的可以得到稳定精确的计算结果么？

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-23 at 14:49 ]
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1楼 2008-06-03 17:59:49
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neweroica

木虫 (著名写手)
★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢 2-15 18:10
引用回帖:
Originally posted by 52nana at 2008-6-3 17:59:
最近看一些计算的文章中通常有这么一句话：
“为了得到稳定精确的计算结果，我们先优化晶胞的结构，得到晶胞参数后，再优化其内坐标，在此基础上再计算单点能。”

问题是：
“我们”到底是怎么做到“ ...

你说的应该是周期性结构。对于周期性结构的几何构型优化，需要同时优化晶胞参数和晶胞内的原子位置。

因此，你提到的“优化其内坐标” 就是指：固定晶胞参数，去优化晶胞内的各原子位置。
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Simpler, stronger, more tolerant
2楼2008-06-03 18:29:13
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52nana

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by neweroica at 2008-6-3 18:29:


你说的应该是周期性结构。对于周期性结构的几何构型优化，需要同时优化晶胞参数和晶胞内的原子位置。

因此，你提到的“优化其内坐标” 就是指：固定晶胞参数，去优化晶胞内的各原子位置。

谢谢！
再多问一句：你说的“需要同时优化晶胞参数和晶胞内的原子位置。”，后面怎么要“固定晶胞参数，去优化晶胞内的各原子位置。”，这样不是前后矛盾么？
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3楼2008-06-03 19:09:48
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neweroica

木虫 (著名写手)
★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢 2-15 18:10
引用回帖:
Originally posted by 52nana at 2008-6-3 19:09:


谢谢！
再多问一句：你说的“需要同时优化晶胞参数和晶胞内的原子位置。”，后面怎么要“固定晶胞参数，去优化晶胞内的各原子位置。”，这样不是前后矛盾么？

不矛盾。
一般都是分两步做：

1. 固定晶胞内原子位置，先只优化晶胞参数。
2. 固定第1步优化好的晶胞参数，优化晶胞内原子位置。
3. 重复步骤1和2，直到满足需要的精度。

注：可以颠倒步骤1和2，应视具体情况而定：如果晶胞参数的初始猜测较好，则先优化原子坐标。如果原子位置的初始猜测较好，则先优化晶胞参数。
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Simpler, stronger, more tolerant
4楼2008-06-03 20:25:34
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52nana

铁虫 (小有名气)
谢谢neweroica
不知道是不是结构优化都要这么做呢？
在Castep中结构优化时有一个选项Optimize cell，这个选项能不能实现同时优化晶胞参数和晶胞内的原子位置的目的？
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5楼2008-06-04 09:55:14
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 52nana at 2008-6-4 09:55:
谢谢neweroica
不知道是不是结构优化都要这么做呢？
在Castep中结构优化时有一个选项Optimize cell，这个选项能不能实现同时优化晶胞参数和晶胞内的原子位置的目的？

没用过Castep，所以无法回答。
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6楼2008-06-04 16:53:24
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52nana

铁虫 (小有名气)
还是很感谢你
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7楼2008-06-04 19:32:36
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spur

金虫 (正式写手)
★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢 2-15 18:10
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zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢 2-15 18:10
zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢 2-15 18:10
zdhlover(金币-12,VIP+0):呵呵，不好意思，加多了 2-16 13:09
在castep中一般不需要进行两步来优化，程序自动选择两步优化同时进行。既优化晶胞参数又优化原子坐标。而所谓的内坐标，我个人的理解是“分数坐标”的另外一种说法而已。在vasp中是可以把这两步分开进行的。
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8楼2008-06-04 21:24:12
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wyl04

金虫 (小有名气)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):xiexie 2-15 18:11
就是先优化晶胞，在计算分数坐标。
两步计算比一次性计算更有效。
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9楼2008-06-04 23:31:52
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puchunying

金虫 (小有名气)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 2-15 18:11
在modify里constrain固定晶格参数，然后在做CASTEP理的优化，是对结构中的原子优化，否则就是都优化
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10楼2009-02-15 10:56:04
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