24小时热门版块排行榜    

查看: 895  |  回复: 6
当前主题已经存档。

acrossthe

无虫 (小有名气)

[交流] 请教A类错误--------急急急急!!

有三个甲基都出现以下A类错误,快1个多月了,还没改好,那位急救啊

PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H7A    ..  H7B     ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H7A    ..  H7C     ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H8A    ..  H8B     ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H8A    ..  H8C     ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H12A   ..  H12B    ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H12A   ..  H12C    ..       1.60 Ang.



Type_2 Test for short non-bonding inter H..H contacts


Short intermolecular H..H contacts may indicate incorrectly determined
structures (i.e. wrong symmetry, missed translation symmetry, wrong position
with reference to the symmetry elements, hydrogen atoms on atoms where there
should not be any  etc..)
Short intermolecular contacts may be indicative for inconsistent symmetry
data (e.g. coordinates for space-group P43 and symmetry specified as P41 or
P21/n & P21/c confusions). Short contacts are defined using a van der Waals
radius of 1.2 Angstrom. For intermolecular contacts, an alert is generated
for contacts less than 2.4 Angstrom.

[ Last edited by acrossthe on 2008-6-3 at 01:06 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dyuheng

木虫 (正式写手)

氢原子加得不对
仍然找不到方向~
2楼2008-06-03 07:45:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acrossthe

无虫 (小有名气)

换137加,又出现无序的氢啊。
3楼2008-06-03 16:51:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)

可以试试把H....H的距离强制限制在1.37——1.39之间,C-H距离限制在0.97.
即:
dfix 0.97 0.01 C(?)  H(?)
dfix 1.37 0.02 H(?)  H(?)

[ Last edited by ljmmarise on 2008-6-3 at 22:55 ]
4楼2008-06-03 22:52:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunjunshan79

木虫 (正式写手)

先使用hfix 33命令加,不行再用dfix 限制距离,注意要用到对称操作码,没有对称操作等于命令白加
5楼2008-06-04 08:43:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alusia

金虫 (正式写手)

这些指令都是次要的,根本方法是你必须重新加氢。
思念
6楼2008-06-04 09:12:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acrossthe

无虫 (小有名气)

我每种加氢的方法都用过拉,所有的方法最后都有问题,其中一些方法会出现上面的问题,另外的方法会出现无序的氢。而我这个结构用无序解又解不出啊。
7楼2008-06-04 22:38:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 acrossthe 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +4 西山十月 2026-08-09 6/300 2026-08-10 00:16 by liufeng0619
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +7 Lanmanbaby 2026-08-09 14/700 2026-08-09 23:33 by Tide man
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +4 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-09 22:24 by otj2008
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +15 且听虎啸 2026-08-07 22/1100 2026-08-09 22:13 by 布布和一二
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +10 布布和一二 2026-08-08 21/1050 2026-08-09 17:21 by 天神眷顾
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
请填处理意见