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acrossthe

无虫 (小有名气)

[交流] 请教A类错误－－－－－－－－急急急急！！

有三个甲基都出现以下A类错误，快1个多月了，还没改好，那位急救啊

PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H7A    ..  H7B     ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H7A    ..  H7C     ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H8A    ..  H8B     ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H8A    ..  H8C     ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H12A   ..  H12B    ..       1.60 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H12A   ..  H12C    ..       1.60 Ang.



Type_2 Test for short non-bonding inter H..H contacts


Short intermolecular H..H contacts may indicate incorrectly determined
structures (i.e. wrong symmetry, missed translation symmetry, wrong position
with reference to the symmetry elements, hydrogen atoms on atoms where there
should not be any  etc..)
Short intermolecular contacts may be indicative for inconsistent symmetry
data (e.g. coordinates for space-group P43 and symmetry specified as P41 or
P21/n & P21/c confusions). Short contacts are defined using a van der Waals
radius of 1.2 Angstrom. For intermolecular contacts, an alert is generated
for contacts less than 2.4 Angstrom.

[ Last edited by acrossthe on 2008-6-3 at 01:06 ]
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1楼 2008-06-03 01:03:37
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alusia

金虫 (正式写手)
这些指令都是次要的，根本方法是你必须重新加氢。
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思念
6楼2008-06-04 09:12:31
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acrossthe

无虫 (小有名气)
换137加，又出现无序的氢啊。
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3楼2008-06-03 16:51:55
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
可以试试把H....H的距离强制限制在1.37——1.39之间，C-H距离限制在0.97.
即：
dfix 0.97 0.01 C(?)  H(?)
dfix 1.37 0.02 H(?)  H(?)

[ Last edited by ljmmarise on 2008-6-3 at 22:55 ]
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4楼2008-06-03 22:52:21
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sunjunshan79

木虫 (正式写手)
先使用hfix 33命令加，不行再用dfix 限制距离，注意要用到对称操作码，没有对称操作等于命令白加
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5楼2008-06-04 08:43:57
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