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【求助】新手求助Autodock
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已经毕业的师兄留下了一些用Autodock3.0进行对接后的数据，但当我想用Autodock4.0重复的时候却怎么也重复不出来。 请大家帮帮忙，看看是怎么回事？ 这是用ADT查看其dlg文件的结果。 Rank: 1_1 Docked Energy: -20.02 Cluster RMS: 0.0 Ref RMS: 29.03 freeEnergy : -16.28 kI : 1.17e-012 InterMolecularEnergy: -18.77 Internal Energy : -1.25 这是我的dlg结果 Rank: 1_1 Binding Energy: -11.8 kI : 2.26nM Intermolecular Energy : -19.6 Internal Energy : 3.54 Torsional Energy : 7.68 Unbound Extended Energy: 3.42 Cluster RMS: 0.0 Ref RMS: 2.03 数据不一样不要紧，主要是为什么在上面的结果中有docked energy和free energy这两项，而这两项我怎么也重复不出来。请问如何计算出这两个能量？ 非常感谢。 [ Last edited by zzgyb on 2008-6-3 at 17:29 ] |
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8楼2008-06-09 06:11:46
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- 专业: 合成药物化学
2楼2008-06-03 08:56:26
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谢谢，但下面的那个freeEnergy又可能是从何而来呢？ 事实上我上面的数据是用ADT中Analyze-Conformations-Load打开的， 而我再用Analyze-Conformations-play打开时，得到以下数据 binding_energy=-16.28 docking_energy=-20.02 inhib_constant=1.17e-012 intermol_energy=-18.77 torsional_energy=2.49 internal_energy=-1.25 clRMS=0.0 refRMS=29.03 rseed1=18056 rseed2=1145948473 [ Last edited by wangliyun on 2008-6-3 at 09:49 ] |
3楼2008-06-03 09:30:48
chemhz
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4楼2008-06-03 18:46:29
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