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wangliyun

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】新手求助Autodock

已经毕业的师兄留下了一些用Autodock3.0进行对接后的数据,但当我想用Autodock4.0重复的时候却怎么也重复不出来。
请大家帮帮忙,看看是怎么回事?
这是用ADT查看其dlg文件的结果。
Rank:                          1_1
Docked Energy:         -20.02
Cluster RMS:                0.0
Ref RMS:                     29.03
freeEnergy :               -16.28
kI :                           1.17e-012
InterMolecularEnergy: -18.77
Internal Energy :          -1.25

这是我的dlg结果
Rank:                            1_1
Binding Energy:            -11.8
kI :                               2.26nM
Intermolecular Energy :  -19.6
Internal Energy :           3.54
Torsional Energy :          7.68
Unbound Extended Energy:  3.42
Cluster RMS:                 0.0
Ref RMS:                      2.03

数据不一样不要紧,主要是为什么在上面的结果中有docked energy和free energy这两项,而这两项我怎么也重复不出来。请问如何计算出这两个能量?

非常感谢。

[ Last edited by zzgyb on 2008-6-3 at 17:29 ]
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):2q
AD4对自由能和对接能做了改进!你可以仔细看看那些能量包括那些部分!  
想重复实验最好用同一版本; 至于ADT分析的结果可能和ADT版本有关吧! 是不是该升级了! 呵呵
4楼2008-06-03 18:46:29
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luai071

木虫 (著名写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢您的参与,欢迎您再次光临计算模拟版!
可以把binding energy认为是docked energy
2楼2008-06-03 08:56:26
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wangliyun

铁虫 (小有名气)

谢谢,但下面的那个freeEnergy又可能是从何而来呢?
事实上我上面的数据是用ADT中Analyze-Conformations-Load打开的,
而我再用Analyze-Conformations-play打开时,得到以下数据
  binding_energy=-16.28
  docking_energy=-20.02
inhib_constant=1.17e-012
  intermol_energy=-18.77
   torsional_energy=2.49
    internal_energy=-1.25
            clRMS=0.0
         refRMS=29.03
         rseed1=18056
      rseed2=1145948473

[ Last edited by wangliyun on 2008-6-3 at 09:49 ]
3楼2008-06-03 09:30:48
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wangliyun

铁虫 (小有名气)

哦,是说不同版本ADT会对Autodock结果有不同的显示了,呵呵。怎么就没想到这一点呢?谢谢了。
不过看了这么多能量数据,能不能帮忙解释一下每个能量数据的意义?或者告诉我到哪里去找也好,非常感谢。
5楼2008-06-04 09:41:31
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