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【求助】新手求助Autodock
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已经毕业的师兄留下了一些用Autodock3.0进行对接后的数据，但当我想用Autodock4.0重复的时候却怎么也重复不出来。 请大家帮帮忙，看看是怎么回事？ 这是用ADT查看其dlg文件的结果。 Rank: 1_1 Docked Energy: -20.02 Cluster RMS: 0.0 Ref RMS: 29.03 freeEnergy : -16.28 kI : 1.17e-012 InterMolecularEnergy: -18.77 Internal Energy : -1.25 这是我的dlg结果 Rank: 1_1 Binding Energy: -11.8 kI : 2.26nM Intermolecular Energy : -19.6 Internal Energy : 3.54 Torsional Energy : 7.68 Unbound Extended Energy: 3.42 Cluster RMS: 0.0 Ref RMS: 2.03 数据不一样不要紧，主要是为什么在上面的结果中有docked energy和free energy这两项，而这两项我怎么也重复不出来。请问如何计算出这两个能量？ 非常感谢。 [ Last edited by zzgyb on 2008-6-3 at 17:29 ] |
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luai071
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2楼2008-06-03 08:56:26
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谢谢，但下面的那个freeEnergy又可能是从何而来呢？ 事实上我上面的数据是用ADT中Analyze-Conformations-Load打开的， 而我再用Analyze-Conformations-play打开时，得到以下数据 binding_energy=-16.28 docking_energy=-20.02 inhib_constant=1.17e-012 intermol_energy=-18.77 torsional_energy=2.49 internal_energy=-1.25 clRMS=0.0 refRMS=29.03 rseed1=18056 rseed2=1145948473 [ Last edited by wangliyun on 2008-6-3 at 09:49 ] |
3楼2008-06-03 09:30:48
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csfn(金币+5,VIP+0):3q
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The upper panel displays information about the current conformation. This includes its overall rank, for example the best result is always 1_1: lowest energy cluster_best individual in cluster. Docked Energy is the sum of the intermolecular and internal energy components. Cluster RMS is the root mean square difference rms between this individual and the seed for the cluster. 1_1 is the seed for the first cluster so its Cluster RMS is 0.0. Ref RMS is the rms between the specified reference structure. If no reference structure is specified in the DPF, the input structure is used as the reference. freeEnergy is the sum of the intermolecular energy plus the torsion entropy penalty which is a constant times the number of rotatable bonds in the ligand, kI calculated from the Docked Energy. 译文：（此为自己翻译如有不确切，敬请谅解，仅供参考理解） 上部面板显示当前构象的信息。 包括此构象的综合评价，例如最好的结果总是（1_1：最低能量类群_此群中的最好构象） 关于docked Energy: 对接能量＝分子间能量+分子内能量 关于freeEnergy: 自由能＝分子间能量项+扭转熵因子罚分项（配体内可旋转键数目的常数倍） 而kI: 由Docked Energy计算得到 而autoDock会根据所得结果的RMS对结果中的所有配体构象进行聚类， 构象1_1是第一个类群的种子构象，构象2_1是第二个类群的种子构象。。。 cluster RMS是本类中此构象与本类中种子构象的均方根差，而1_1是种子构象，因而其rms为0 ref RMS是此构象与指定构象的rms。如果在对接参数文件中没有指定特定的构象，那么输入构象即为指定的参数构象（意即一般情况下，ref RMS为此构象和输入构象的RMS，而输入构象就是小分子配体的初始构象） |
6楼2008-06-04 22:43:38
7楼2008-06-05 09:40:25
weishenme
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