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yangqingfeng

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 求助高人审稿意见中的问题

晶体数据审稿人意见中有一条是这样描述的,我弄不明白是什么意思,也不知道怎么改,恳请高人指点一下!!
Although all H atoms have been refined, nothing has been gained by
this and there are no details of any dimensions involving these refined
H atoms in the CIF.
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gujm516

金虫 (小有名气)

我的结构中除了一个游离的水上的氢外,所有的氢都是直接从差值中找出来的,没有什么特别的约束了。但因为我懂得太少了,对于gujm516的回答中我还有几点不明白,1 _publ_section_exptl_refinement,在我的cif中没有找到啊?
      2 自由修正, 跨骑方式分别指什么啊?
    审稿人建议: The correct description should be:-

                     _refine_ls_hydrogen_treatment    refall
     我原先写的是mixed

1. 按照标准CIF的顺序,应该是:
abstract、comment、acknowledgements、references、figure_captions、exptl_prep,然后就是
_publ_section_exptl_refinement
如果没有,你应该加上的。

2. 问题就出在游离的水上。差值找到的氢原子在修正前应加以约束,否则H可能发生漂移,温度因子也较大。
    自由修正就是没有任何约束,事实上对H是不适用的,通常对H原子采用跨骑模式(riding mode)并限定Uiso=1.2Ueq。
    理论加上的H已经自动约束了。对差值确定的水上的H,可在INS文件中加上指令:AFIX 93 加以约束。

3. 这样做完以后产生的CIF里对氢的待遇就要改成:
_refine_ls_hydrogen_treatment    constr
5楼2008-06-02 22:05:18
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gujm516

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
yangqingfeng(金币+5,VIP+0):非常感谢你的详细解答,以后还要向你多学习,我懂的太少了!
应该在CIF的下列标题中对氢原子的待遇加以描述:

_publ_section_exptl_refinement

比如,
1. 氢原子是怎么确定的(是理论添加还是从差值中找到)?
2. 在修正过程中对H进行了何种约束(自由修正还是跨骑方式,如果是跨骑方式那C--H的距离是多少)?
3. H的温度因子比例(如Uiso(H)=1.2Ueq(C))
4. 其它认为有必要说明的地方等等。

注: 注意CIF中下列标题的回答
_refine_ls_hydrogen_treatment      
    H自由修正填   mixed ,全部H都约束则填 constr
2楼2008-06-02 19:57:07
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liucaca

银虫 (小有名气)

尽管你已经把所有的氢原子都精细过了,但是由此却不能得到什么结论,同时,在CIF数据中没有任何关于那些被精细的氢原子内容。

我觉得你是不是多写一些关于氢原子、氢键的内容,cif数据欠缺,需补充精细的内容
3楼2008-06-02 20:02:59
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yangqingfeng

铁杆木虫 (正式写手)

谢谢两位的帮助!
我的结构中除了一个游离的水上的氢外,所有的氢都是直接从差值中找出来的,没有什么特别的约束了。但因为我懂得太少了,对于gujm516的回答中我还有几点不明白,1 _publ_section_exptl_refinement,在我的cif中没有找到啊?
      2 自由修正, 跨骑方式分别指什么啊?
    审稿人建议: The correct description should be:-

                     _refine_ls_hydrogen_treatment    refall
     我原先写的是mixed
4楼2008-06-02 21:32:39
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