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yangqingfeng铁杆木虫 (正式写手)
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[交流]
求助高人审稿意见中的问题
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晶体数据审稿人意见中有一条是这样描述的，我弄不明白是什么意思，也不知道怎么改，恳请高人指点一下！！ Although all H atoms have been refined, nothing has been gained by this and there are no details of any dimensions involving these refined H atoms in the CIF. |
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3楼2008-06-02 20:02:59
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yangqingfeng(金币+5,VIP+0):非常感谢你的详细解答，以后还要向你多学习，我懂的太少了！
yangqingfeng(金币+5,VIP+0):非常感谢你的详细解答，以后还要向你多学习，我懂的太少了！
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应该在CIF的下列标题中对氢原子的待遇加以描述： _publ_section_exptl_refinement 比如， 1. 氢原子是怎么确定的（是理论添加还是从差值中找到）？ 2. 在修正过程中对H进行了何种约束（自由修正还是跨骑方式，如果是跨骑方式那C--H的距离是多少）？ 3. H的温度因子比例（如Uiso(H)=1.2Ueq(C)） 4. 其它认为有必要说明的地方等等。 注: 注意CIF中下列标题的回答 _refine_ls_hydrogen_treatment H自由修正填 mixed ，全部H都约束则填 constr |
2楼2008-06-02 19:57:07
yangqingfeng
铁杆木虫 (正式写手)
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4楼2008-06-02 21:32:39
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我的结构中除了一个游离的水上的氢外，所有的氢都是直接从差值中找出来的，没有什么特别的约束了。但因为我懂得太少了，对于gujm516的回答中我还有几点不明白，1 _publ_section_exptl_refinement，在我的cif中没有找到啊？ 2 自由修正, 跨骑方式分别指什么啊？ 审稿人建议： The correct description should be:- _refine_ls_hydrogen_treatment refall 我原先写的是mixed 1. 按照标准CIF的顺序，应该是： abstract、comment、acknowledgements、references、figure_captions、exptl_prep，然后就是 _publ_section_exptl_refinement 如果没有，你应该加上的。 2. 问题就出在游离的水上。差值找到的氢原子在修正前应加以约束，否则H可能发生漂移，温度因子也较大。 自由修正就是没有任何约束，事实上对H是不适用的，通常对H原子采用跨骑模式（riding mode）并限定Uiso=1.2Ueq。 理论加上的H已经自动约束了。对差值确定的水上的H，可在INS文件中加上指令：AFIX 93 加以约束。 3. 这样做完以后产生的CIF里对氢的待遇就要改成： _refine_ls_hydrogen_treatment constr |
5楼2008-06-02 22:05:18
