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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】新人发帖，说一说自己的郁闷----用autodock跑出了一个2G大的dlg结果。
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foradun

[交流] 【求助】新人发帖，说一说自己的郁闷----用autodock跑出了一个2G大的dlg结果。

用计算机跑了3天，跑出来这么一个令我苦笑不得结果，感觉非常郁闷，我的配体是利迪链菌素，从chembank里下载的，格式为sdf，自己转委pdbqt，受体为hiv蛋白，哭啊，各位大侠帮帮俺啊。
求帮助如下：
1.各位大侠的sybyl是哪里来的啊，如果是破解的，能告诉我哪里下载的吗？
2.从pdb文件把不同的分子分离出来，大家都用什么软件啊，除了sybyl还有别的免费的吗？
2.summarize_rusults4.py命令如何用啊，虽然我用了help，也没看懂（大家可以尽情的鄙视我），-d 后面是跟dlg文件吗，每次运行都说
Traceback (most recent call last):
  File "./summarize_results4.py", line 306, in
    coords = d.ligMol.allAtoms.coords[:]
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
求救求救。

[ Last edited by zzgyb on 2008-5-31 at 15:27 ]
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1楼 2008-05-30 10:45:39
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weishenme

金虫 (小有名气)
真的好大，我的一般在一点几个M，不知道你的参数怎么设的。
1. sybyl可以用emule下。自己搜索一下。
2. 其实用vi等文本编辑器就可以把pdb文件里的分子分开，也可以用vmd等免费软件。
3. 第三个问题不清楚，我用adt和vi分析autodock的结果。
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2楼2008-05-30 12:40:33
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)
-d 后面接目录名称！ help有提到！  这个summarize命令是为了提取构象的， 所以要设定rmsd的接受值！ 看错误提示好像是找不到小分子坐标！ Lz的这个docking前期处理估计有问题！ 2G无比巨大啊！
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3楼2008-05-30 13:01:51
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foradun

谢谢楼上各位的回复，应该是配体处理不当的问题，哪里不当还不清楚，继续研究中。。。2G啊2G,昏倒中。。。
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4楼2008-05-30 15:26:05
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
直接手动把pro和lig分开也可以
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5楼2008-05-30 20:02:04
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foradun

原因找到了，配体有问题，配体表面能量相同，导致autodock不停的重新初始化，最后就成了2G。hoho。汗.
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6楼2008-05-30 21:46:05
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