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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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foradun

[交流] 【求助】新人发帖,说一说自己的郁闷----用autodock跑出了一个2G大的dlg结果。

用计算机跑了3天,跑出来这么一个令我苦笑不得结果,感觉非常郁闷,我的配体是利迪链菌素,从chembank里下载的,格式为sdf,自己转委pdbqt,受体为hiv蛋白,哭啊,各位大侠帮帮俺啊。
求帮助如下:
1.各位大侠的sybyl是哪里来的啊,如果是破解的,能告诉我哪里下载的吗?
2.从pdb文件把不同的分子分离出来,大家都用什么软件啊,除了sybyl还有别的免费的吗?
2.summarize_rusults4.py命令如何用啊,虽然我用了help,也没看懂(大家可以尽情的鄙视我),-d 后面是跟dlg文件吗,每次运行都说
Traceback (most recent call last):
  File "./summarize_results4.py", line 306, in
    coords = d.ligMol.allAtoms.coords[:]
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
求救求救。

[ Last edited by zzgyb on 2008-5-31 at 15:27 ]
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weishenme

金虫 (小有名气)

真的好大,我的一般在一点几个M,不知道你的参数怎么设的。
1. sybyl可以用emule下。自己搜索一下。
2. 其实用vi等文本编辑器就可以把pdb文件里的分子分开,也可以用vmd等免费软件。
3. 第三个问题不清楚,我用adt和vi分析autodock的结果。
2楼2008-05-30 12:40:33
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)

-d 后面接目录名称! help有提到!  这个summarize命令是为了提取构象的, 所以要设定rmsd的接受值! 看错误提示好像是找不到小分子坐标! Lz的这个docking前期处理估计有问题! 2G无比巨大啊!
3楼2008-05-30 13:01:51
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foradun

谢谢楼上各位的回复,应该是配体处理不当的问题,哪里不当还不清楚,继续研究中。。。2G啊2G,昏倒中。。。
4楼2008-05-30 15:26:05
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)

直接手动把pro和lig分开也可以
5楼2008-05-30 20:02:04
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foradun

原因找到了,配体有问题,配体表面能量相同,导致autodock不停的重新初始化,最后就成了2G。hoho。汗.
6楼2008-05-30 21:46:05
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