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【求助】分子动力学时间步长
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下图是我在模拟前对势函数的时间步估计的一个能量输出图，系综为NVE，所示能量为总能（包括时能和动能），开始设定的时间步长为2fs，以后每隔30步增加1fs，共进行了300步，最后是11fs。 在最开始的时候，我们发现体系的能量是有个震荡的，然后才是平稳的。 请问： 1. 最初的微小的震荡是不是正常的？ 2. 也就是在第150步，也就是7fs的时候开始能量缓慢的上升，如果在模拟中，我2-7的哪个时间步长比较合适？ 以上两个问题，请大虾们给点建议，谢谢！！ |
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 MD分子动力学 | 感悟人生 |
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leongxf
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2楼2008-05-28 20:34:17
3楼2008-05-29 09:13:51
leongxf
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢一直关注 鼓励新人
gamma337(金币+1,VIP+0):这个问题是我在找出来时间步取多大值的时候系统开始不稳定。谢谢你
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢一直关注 鼓励新人
gamma337(金币+1,VIP+0):这个问题是我在找出来时间步取多大值的时候系统开始不稳定。谢谢你
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昨晚我看错了，如果总能量的图，前面就不应该有震荡（如果你不人为干扰系统），你应该把势能和动能都画出来，看一下，总能量是哪一部分引起的，是因为动能，还是势能，如果是动能，那就是速度越来越大了，体系温度不断升高。如果是势能引起的，就有可能是势函数的问题。 你想模拟尽可能久的时间，是否可以分别作几个体系，分别选取不同的步长，然后比较各体系的情况。 你这样一个体系，变步长，能量的增加都不知什么因素引起的。还有就是选取步长为1fs，由于势函数的错误，也可能导致10000fs后体系量能剧增，更别说几百分秒了。 |
4楼2008-05-29 09:31:25