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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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gamma337

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学时间步长

下图是我在模拟前对势函数的时间步估计的一个能量输出图,系综为NVE,所示能量为总能(包括时能和动能),开始设定的时间步长为2fs,以后每隔30步增加1fs,共进行了300步,最后是11fs。
在最开始的时候,我们发现体系的能量是有个震荡的,然后才是平稳的。
请问:
1. 最初的微小的震荡是不是正常的?
2. 也就是在第150步,也就是7fs的时候开始能量缓慢的上升,如果在模拟中,我2-7的哪个时间步长比较合适?

以上两个问题,请大虾们给点建议,谢谢!!
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leongxf

银虫 (初入文坛)

★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢一直关注 鼓励新人
gamma337(金币+1,VIP+0):这个问题是我在找出来时间步取多大值的时候系统开始不稳定。谢谢你
昨晚我看错了,如果总能量的图,前面就不应该有震荡(如果你不人为干扰系统),你应该把势能和动能都画出来,看一下,总能量是哪一部分引起的,是因为动能,还是势能,如果是动能,那就是速度越来越大了,体系温度不断升高。如果是势能引起的,就有可能是势函数的问题。
你想模拟尽可能久的时间,是否可以分别作几个体系,分别选取不同的步长,然后比较各体系的情况。
你这样一个体系,变步长,能量的增加都不知什么因素引起的。还有就是选取步长为1fs,由于势函数的错误,也可能导致10000fs后体系量能剧增,更别说几百分秒了。
4楼2008-05-29 09:31:25
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leongxf

银虫 (初入文坛)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
不了解你为什么要改变步长,一般分子动力学的步长选1fs,刚开始能量震荡是没错的,搞不懂你的能量为什么不守恒。
2楼2008-05-28 20:34:17
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gamma337

银虫 (小有名气)

我们的模拟尽量要做到在有限的时间步内,模拟更长的时间,因此,我们需要一个能确定体系稳定且较大的时间步长。

上个图我们可以看出在5fs的时候体系的能量开始上升,我在模拟的时候实际取的3fs,这个度我很难说的准确,也许取的更小些体系也比较稳定。
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3楼2008-05-29 09:13:51
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