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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 恳求大神指导建系统发育树的一些问题
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chenyanbest

铁虫 (初入文坛)

[求助] 恳求大神指导建系统发育树的一些问题 已有4人参与

请大神指导，我在做完DGGE后切了7个条带进行测序，完了建系统发育树，我建树之前需要先对这7个序列进行OTU分类吗？我用UPMGA和邻接法分别试着建了一下系统树，发现聚类分析时在一类上面的序列用邻接法建树后完全不在一块儿，请问这是怎么回事？这两种建树方法结果是不一样的吗？
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1楼 2014-12-25 11:28:38
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lance-tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

blast的时候你的序列是反向的，将这几个序列反向互补后，再来建树就没问题了
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新手入门求各位大神指导
4楼2015-01-19 13:51:02
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ysx0226

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-12-29 10:34:46
不同的算法建的树是不一样的
查询下什么算法适合什么情况建树
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2楼2014-12-27 22:08:32
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-12-29 10:34:50
很明显方法不一样，计算的原理也不一样，很正常，看你的目的是什么，用什么方法。另外alignment非常必须。
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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
3楼2014-12-28 20:13:16
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一般蛋白质建树比较好
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5楼2015-01-19 21:55:08
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