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[求助]
真是跪求了，AmberTools里的MCPB
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我按照教程走的，在第5步就是Build Sidechain Model，出现错误 ### ### ### ### ### MTK++ Error ### ### Function: MCPB::source ### ### Message: Error reading file 1AMP_OH_settings.bcl ### ### ### ### 问题是明明第4步里的加氢bcl文件中也有 source 1AMP_OH_settings.bcl ,没有任何问题呀，而且这一步的1AMP_OH_sidechain.bcl是直接copy的也不该有错。我已经反反复复检查了很多遍，都没发现问题，现在已经快抓狂了。求好心人解疑。 |
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已发现问题，那再问一个问题，希望有路过的好心人解答~ 在第四步，就是往PDB加氢时发生了错误， ### ### ### ### ### MTK++ Error ### ### Function: connections::assignStdAngles ### ### Message: Please assign angles before assigning MM parameters for molecule: CU ### ### ### ### ### ### ### ### ### MTK++ Error ### ### Function: connections::assignStdTorsions ### ### Message: Please assign torsions before assigning MM parameters for molecule: CU 并且有警告 ### ### ### ### ### MTK++ Warning ### ### Function: pdbParser ### ### Message: Can't determine 1-letter code for CU. Using 'X'. ### ### ### ### 我试着把教程里的1AMP 的ZN换成CU或FE，也发生了相同的错误。求教在做锌以外的离子是否需要另加什么参数？ |
2楼2014-12-24 21:49:44