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snowgary

木虫 (正式写手)

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[交流] 【讨论】分子动力学模拟高分子构象的讨论。

大家好，我本人并非做高分子构象方面的，但在不经意的时候发现个问题，不知道大家有没有遇到过，我对一个长链高分子做分子动力学模拟的时候（单个分子能量最优化后几何优化，或者放到一个盒子中去能量最优化然后跑动力学），其最终的构象与你开始建模时候的构象关系很大，如果我自动生成高分子，一般都是直链的，能量最优化或者几何优化后，其构象几乎没什么太大变化，如果我用手自己画一个很弯曲的相等长度的高分子，几何优化后其构象也变化不大，但两种建模方法的构象确截然不同，请问大家这种情况该怎么处理呢？我突然对分子动力学产生一点怀疑了。。。

本人为初学者，有说的不专业的地方还请大家谅解。

谢谢了。

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1楼 2008-05-26 14:45:33

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dongping001

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢高见

楼上的，境界不一般呐

，说的perfect
分子动力学与分子力学原理一致，都一个妈生的，一个哥哥，一个弟弟，都依赖于力场，做结构优化属于分子力学，一般能找到与初始构像接近的局部能量最低点，所谓的群山中的山谷，但不是最深的山谷。分子动力学理论上能跑到能量最低点的那个构型，主要看你的设置和机时，所以为了保险最好设置几个最可几的构想都跑一下动力学，所得到的能量最低的那个就是最可能的构像。
另外在模型设置时，如果系统生成的分子链，都是有氢原子的，分子扭转比较困难，因此跑一段时间后，分子的构型变化不大，可能有一种办法,但我没试过，有的动力学软件（MS?）中有各选项，是否变动扭转角，如果选中的化，是否分子容易动起来（我没试过）。但是如果分子是你手工绘制的，一般是忽略了氢，聚乙烯就变成了聚乙炔，这是分子扭转就很容易，分子变型很快前后差别也很大。杨小震老师在一开始模拟聚乙烯时都忽略了氢的存在，所得到的聚乙烯分子链的构象还是比较合理的
分子力学包括分子动力学最擅长的就是构象的优化，不要有太大疑问，如果得到最可能的构象，最好采用分子动力学（MD）
分子构像本身就是有各种可能，几率大小而已，所以有不同的情况也是正常的，但一般看到的构象看上去就应该能量最低，同时温度也非常重要