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snowgary

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】分子动力学模拟高分子构象的讨论。

大家好,我本人并非做高分子构象方面的,但在不经意的时候发现个问题,不知道大家有没有遇到过,我对一个长链高分子做分子动力学模拟的时候(单个分子能量最优化后几何优化,或者放到一个盒子中去能量最优化然后跑动力学),其最终的构象与你开始建模时候的构象关系很大,如果我自动生成高分子,一般都是直链的,能量最优化或者几何优化后,其构象几乎没什么太大变化,如果我用手自己画一个很弯曲的相等长度的高分子,几何优化后其构象也变化不大,但两种建模方法的构象确截然不同,请问大家这种情况该怎么处理呢?我突然对分子动力学产生一点怀疑了。。。

本人为初学者,有说的不专业的地方还请大家谅解。


谢谢了。
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snowgary

木虫 (正式写手)

感觉这样模拟出的结果很不准啊,,,,,
3楼2008-05-26 20:59:47
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
高分子构象
就像四川的绵绵山脉
你随便扔个东西
不是掉到这个山谷
就是滚入那个山谷
不过,距离你扔出的地方不会太远

悟之
2楼2008-05-26 15:13:01
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

近朱者赤
近墨者黑
分子模拟
你说信谁
4楼2008-05-26 21:45:09
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sickboy

银虫 (初入文坛)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
因为它是根据你输入的构象进行优化的,找到的能量最低点明显取决于你输入的初始值。要想找到全局最低要花很大量的机时。
5楼2008-05-26 21:48:00
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