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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【讨论】分子动力学模拟高分子构象的讨论。
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snowgary

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】分子动力学模拟高分子构象的讨论。

大家好，我本人并非做高分子构象方面的，但在不经意的时候发现个问题，不知道大家有没有遇到过，我对一个长链高分子做分子动力学模拟的时候（单个分子能量最优化后几何优化，或者放到一个盒子中去能量最优化然后跑动力学），其最终的构象与你开始建模时候的构象关系很大，如果我自动生成高分子，一般都是直链的，能量最优化或者几何优化后，其构象几乎没什么太大变化，如果我用手自己画一个很弯曲的相等长度的高分子，几何优化后其构象也变化不大，但两种建模方法的构象确截然不同，请问大家这种情况该怎么处理呢？我突然对分子动力学产生一点怀疑了。。。

本人为初学者，有说的不专业的地方还请大家谅解。


谢谢了。
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1楼 2008-05-26 14:45:33
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sickboy

银虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
因为它是根据你输入的构象进行优化的，找到的能量最低点明显取决于你输入的初始值。要想找到全局最低要花很大量的机时。
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5楼2008-05-26 21:48:00
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
高分子构象
就像四川的绵绵山脉
你随便扔个东西
不是掉到这个山谷
就是滚入那个山谷
不过，距离你扔出的地方不会太远

悟之
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2楼2008-05-26 15:13:01
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snowgary

木虫 (正式写手)
感觉这样模拟出的结果很不准啊，，，，，
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3楼2008-05-26 20:59:47
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
近朱者赤
近墨者黑
分子模拟
你说信谁
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4楼2008-05-26 21:45:09
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