应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟电解质溶液
51/1返回列表
查看: 1203  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] MS模拟电解质溶液 已有1人参与

我想MD模拟NaOH水溶液，是不是在水中加入na+和OH—然后直接模拟就行了？可是提示Warning: Energy:   The simulation box is not neutral.这个有影响吗？应该怎样改进？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-12-19 11:33:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-12-19 13:34:36
整体电荷不为零，两个办法
1.不管电荷如何，计算的时候，charge一栏设置为use current，应该就可以继续往下算了
2.手动分配电荷，分配完之后自己检验一下，使整体电荷为零。不过，此时，仍然需要在charge一栏设置 ...

你好，charge一栏是modify里的吗？我好像没有找到。整体电荷是否为零，这对模拟结果有影响吗？
赞一下 回复此楼
3楼2014-12-20 09:46:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mxbn55(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-12-22 08:37:39
mxbn55: 金币+16 2014-12-22 21:48:35
整体电荷不为零，两个办法
1.不管电荷如何，计算的时候，charge一栏设置为use current，应该就可以继续往下算了
2.手动分配电荷，分配完之后自己检验一下，使整体电荷为零。不过，此时，仍然需要在charge一栏设置为use current
赞一下 回复此楼
2楼2014-12-19 13:34:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★
mxbn55(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-12-22 08:37:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2014-12-19 13:46:57
你好，charge一栏是modify里的吗？我好像没有找到。整体电荷是否为零，这对模拟结果有影响吗？...

虽然现在的分子模拟软件对于总电荷不为0的情况会自动加上一个背景电荷来避免处理静电相互作用的Ewald summation发散，但电荷还是尽量为0，因为你的体系理论上来讲是电中性的。

如果你的总电荷和0差得不大，对结果其实影响不大。
赞一下 回复此楼
4楼2014-12-20 12:14:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2014-12-20 09:46:57
你好，charge一栏是modify里的吗？我好像没有找到。整体电荷是否为零，这对模拟结果有影响吗？...

不是，你做的水溶液，应该用的就是discover或者Forcite这些模块吧，你做跑模拟的时候，难道不需要设置力场、电荷、非键作用力这些吗？就是这里的charge。
整体电荷最好为零，因为实际溶液就是这样，不为零偏离了事实
赞一下 回复此楼
5楼2014-12-21 09:13:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +16 Lanmanbaby 2026-08-09 26/1300 2026-08-11 17:16 by 天神眷顾
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +7 Tide man 2026-08-10 8/400 2026-08-11 15:49 by 铁帽子农民
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +3 工厂打螺丝 2026-08-08 3/150 2026-08-11 13:42 by 会议编辑
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭