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mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] MS模拟电解质溶液 已有1人参与

我想MD模拟NaOH水溶液，是不是在水中加入na+和OH—然后直接模拟就行了？可是提示Warning: Energy:   The simulation box is not neutral.这个有影响吗？应该怎样改进？
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1楼 2014-12-19 11:33:00
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mxbn55(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-12-22 08:37:39
mxbn55: 金币+16 2014-12-22 21:48:35
整体电荷不为零，两个办法
1.不管电荷如何，计算的时候，charge一栏设置为use current，应该就可以继续往下算了
2.手动分配电荷，分配完之后自己检验一下，使整体电荷为零。不过，此时，仍然需要在charge一栏设置为use current
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2楼2014-12-19 13:34:36
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mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-12-19 13:34:36
整体电荷不为零，两个办法
1.不管电荷如何，计算的时候，charge一栏设置为use current，应该就可以继续往下算了
2.手动分配电荷，分配完之后自己检验一下，使整体电荷为零。不过，此时，仍然需要在charge一栏设置 ...

你好，charge一栏是modify里的吗？我好像没有找到。整体电荷是否为零，这对模拟结果有影响吗？
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3楼2014-12-20 09:46:57
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★
mxbn55(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-12-22 08:37:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2014-12-19 13:46:57
你好，charge一栏是modify里的吗？我好像没有找到。整体电荷是否为零，这对模拟结果有影响吗？...

虽然现在的分子模拟软件对于总电荷不为0的情况会自动加上一个背景电荷来避免处理静电相互作用的Ewald summation发散，但电荷还是尽量为0，因为你的体系理论上来讲是电中性的。

如果你的总电荷和0差得不大，对结果其实影响不大。
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4楼2014-12-20 12:14:28
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2014-12-20 09:46:57
你好，charge一栏是modify里的吗？我好像没有找到。整体电荷是否为零，这对模拟结果有影响吗？...

不是，你做的水溶液，应该用的就是discover或者Forcite这些模块吧，你做跑模拟的时候，难道不需要设置力场、电荷、非键作用力这些吗？就是这里的charge。
整体电荷最好为零，因为实际溶液就是这样，不为零偏离了事实
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5楼2014-12-21 09:13:41
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mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-12-21 09:13:41
不是，你做的水溶液，应该用的就是discover或者Forcite这些模块吧，你做跑模拟的时候，难道不需要设置力场、电荷、非键作用力这些吗？就是这里的charge。
整体电荷最好为零，因为实际溶液就是这样，不为零偏离了事 ...

原来如此，谢谢啊
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6楼2014-12-22 21:48:25
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