²é¿´: 4438  |  »Ø¸´: 7
µ±Ç°Ö»ÏÔʾÂú×ãÖ¸¶¨Ìõ¼þµÄ»ØÌû£¬µã»÷ÕâÀï²é¿´±¾»°ÌâµÄËùÓлØÌû

minbad

ľ³æ (ÕýʽдÊÖ)

[ÇóÖú] Lammps fixnve ΪʲôζÈÒ²Ò»Ö±Éý¸ß°¡£¿ ÒÑÓÐ2È˲ÎÓë

Ò»¸öÓлú·Ö×ÓºÍÒ»¸öË®£¬½øÐвâÊÔÄ£Ä⣬ζÈÒ»ÖÂÉý¸ß£¬
ÊäÈëinÎļþ

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  1 ## Initialization                                                                                                                                
  2   units           real    #default lj
  3   atom_style      full    #default atomic
  4   pair_style      lj/cut/coul/cut 10.0  
  5   pair_modify     mix geometric
  6   bond_style      harmonic
  7   angle_style     harmonic
  8   dihedral_style  opls
  9  
10 read_data      data.glucose1wat
11   
12 neighbor   2 bin
13 neigh_modify delay 0 every 1 check yes
14   
15   timestep  0.5   # default 1fs in real units
16   
17   group all molecule 1:2
18   
19   thermo         20
20   thermo_style    multi
21   
22   dump           min all custom 500 min.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
23   dump_modify    min sort id
24   minimize       1.0e-8 1.0e-8 500 20000
25   undump         min
26   
27  dump           2 all custom 20 nveMD1.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
28  dump_modify    2 sort id
29  fix            fixnve all nve #temp 300.0 300.0 100
30  run 20000      
31  undump         2
32  unfix          fixnve
¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª¡ª

×îºó¾Í³öÏÖbonds atoms missing:


.................

---------------- Step      800 ----- CPU =      0.0614 (sec) ----------------
TotEng   =     37433.3818 KinEng   =     28019.5768 Temp     =    361537.9752
PotEng   =      9413.8050 E_bond   =      8593.2434 E_angle  =       694.9632
E_dihed  =        30.0571 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =       198.2975
E_coul   =      -102.7561 E_long   =         0.0000 Press    =     42398.0431
---------------- Step      820 ----- CPU =      0.0632 (sec) ----------------
TotEng   =    173543.1558 KinEng   =     50823.3926 Temp     =    655776.7303
PotEng   =    122719.7632 E_bond   =    121031.4794 E_angle  =      1585.6246
E_dihed  =        35.0079 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =       186.2945
E_coul   =      -118.6432 E_long   =         0.0000 Press    =   -262854.6486
---------------- Step      840 ----- CPU =      0.0648 (sec) ----------------
TotEng   =    173729.2625 KinEng   =     78851.3657 Temp     =   1017423.0440
PotEng   =     94877.8968 E_bond   =     93040.0890 E_angle  =      1838.2278
E_dihed  =        42.4633 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =        15.7058
E_coul   =       -58.5890 E_long   =         0.0000 Press    =   -110094.8168
ERROR on proc 4: Bond atoms 4 5 missing on proc 4 at step 852 (../neigh_bond.cpp:65)
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 4


¾­²é£¬·¢ÏÖ¶¯ÄÜÖð½¥±äµÄºÜ´ó£¬¼´Ô­ÏȼüÁ¬µÄÔ­×Ó·Ö¿ªÁË£¬ËùÒÔÕÒ²»µ½¡£
²»ÖªµÀΪʲôËüÃÇ»á·Ö¿ª°¡£¿

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» ±¾Ö÷ÌâÏà¹ØÉ̼ÒÍÆ¼ö: (ÎÒÒ²ÒªÔÚÕâÀïÍÆ¹ã)

» ±¾Ö÷ÌâÏà¹Ø¼ÛÖµÌùÍÆ¼ö£¬¶ÔÄúͬÑùÓаïÖú:

ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

minbad

ľ³æ (ÕýʽдÊÖ)

ÒýÓûØÌû:
4Â¥: Originally posted by ktwyw at 2014-12-17 19:11:22
ÄãÊDz»ÊÇÓ¦¸Ã°Ñtime stepµÄÉ趨·ÅÔÚminimizeÃüÁîµÄºóÃæ£¿ÁíÍ⣬¼ì²éһ϶¯Á¦Ñ§Ä£ÄâµÄ³õʼ¹¹Ï󣬿´¿´ÓÐûÓÐÔ­×Ó¿¿µÄÌØ±ð½ü£¿

timestepÔÚminimize֮ǰ£¬ÕâµãÈ·ÈϹý

minimize¹ýºóµÄ½á¹ûÒ²¿´ÁËÏ£¬Ã»ÓÐÔ­×Ó¿¿µÄºÜ½ü¡£

µ«ÊÇÒ»µ©fix nve»òÕßfix nvt£¬Ô­×Ó¾ÍÅÜ¿ªÁË¡£¡£¡£
5Â¥2014-12-17 19:26:04
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû
²é¿´È«²¿ 8 ¸ö»Ø´ð

ktwyw

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¸Ðл²ÎÓ룬ӦÖúÖ¸Êý +1
Äã°Ñtime step¼õСÊÔÊÔ¿´£¬Ò»°ã¶¼ÊÇÕâ¸öÔ­Òò

[ ·¢×ÔÊÖ»ú°æ http://muchong.com/3g ]
ºÃºÃѧϰ£¬ÌìÌìÏòÉÏ¡£
2Â¥2014-12-17 18:40:13
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

minbad

ľ³æ (ÕýʽдÊÖ)

ÉèΪ0.1£¬½á¹ûÈÔÊÇÈç´Ë¡£¡£¡£Ó¦¸Ã²»ÊÇÕâ¸öÀíÓÉ£¬Ææ¹ÖµÄºÜ¡£¡£
×Ðϸ¼ì²éÁ˼ü³¤¼ü½ÇÐÅÏ¢£¬Ã»ÓÐÎÊÌâ°¡¡£
3Â¥2014-12-17 19:03:48
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

ktwyw

ľ³æ (СÓÐÃûÆø)

¡¾´ð°¸¡¿Ó¦Öú»ØÌû

ÄãÊDz»ÊÇÓ¦¸Ã°Ñtime stepµÄÉ趨·ÅÔÚminimizeÃüÁîµÄºóÃæ£¿ÁíÍ⣬¼ì²éһ϶¯Á¦Ñ§Ä£ÄâµÄ³õʼ¹¹Ï󣬿´¿´ÓÐûÓÐÔ­×Ó¿¿µÄÌØ±ð½ü£¿

[ ·¢×ÔÊÖ»ú°æ http://muchong.com/3g ]
ºÃºÃѧϰ£¬ÌìÌìÏòÉÏ¡£
4Â¥2014-12-17 19:11:22
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû
×î¾ßÈËÆøÈÈÌûÍÆ¼ö [²é¿´È«²¿] ×÷Õß »Ø/¿´ ×îºó·¢±í
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[˶²©¼ÒÔ°] ºþ±±¹¤Òµ´óѧ ÉúÃü¿ÆÑ§Ó뽡¿µÑ§Ôº-¿ÎÌâ×éÕÐÊÕ2026¼¶Ê³Æ·/ÉúÎï·½Ïò˶ʿ +3 1ϲ´º8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber´¨cool×Ó
[¿¼ÑÐ] ÓÐûÓеÀÌú/ÍÁľµÄÏëµ÷¼ÁÄÏÁÖ£¬¸ø×Ô¼ºÕÐʦµÜÖС« +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
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