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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps fixnve 为什么温度也一直升高啊？
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minbad

木虫 (正式写手)

[求助] Lammps fixnve 为什么温度也一直升高啊？ 已有2人参与

一个有机分子和一个水，进行测试模拟，温度一致升高，
输入in文件

——————————————————————————————————
  1 ## Initialization                                                                                                                                
  2   units           real    #default lj
  3   atom_style      full    #default atomic
  4   pair_style      lj/cut/coul/cut 10.0  
  5   pair_modify     mix geometric
  6   bond_style      harmonic
  7   angle_style     harmonic
  8   dihedral_style  opls
  9  
10 read_data      data.glucose1wat
11   
12 neighbor   2 bin
13 neigh_modify delay 0 every 1 check yes
14   
15   timestep  0.5   # default 1fs in real units
16   
17   group all molecule 1:2
18   
19   thermo         20
20   thermo_style    multi
21   
22   dump           min all custom 500 min.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
23   dump_modify    min sort id
24   minimize       1.0e-8 1.0e-8 500 20000
25   undump         min
26   
27  dump           2 all custom 20 nveMD1.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
28  dump_modify    2 sort id
29  fix            fixnve all nve #temp 300.0 300.0 100
30  run 20000      
31  undump         2
32  unfix          fixnve
——————————————————————————————————

最后就出现bonds atoms missing:


.................

---------------- Step      800 ----- CPU =      0.0614 (sec) ----------------
TotEng   =     37433.3818 KinEng   =     28019.5768 Temp     =    361537.9752
PotEng   =      9413.8050 E_bond   =      8593.2434 E_angle  =       694.9632
E_dihed  =        30.0571 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =       198.2975
E_coul   =      -102.7561 E_long   =         0.0000 Press    =     42398.0431
---------------- Step      820 ----- CPU =      0.0632 (sec) ----------------
TotEng   =    173543.1558 KinEng   =     50823.3926 Temp     =    655776.7303
PotEng   =    122719.7632 E_bond   =    121031.4794 E_angle  =      1585.6246
E_dihed  =        35.0079 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =       186.2945
E_coul   =      -118.6432 E_long   =         0.0000 Press    =   -262854.6486
---------------- Step      840 ----- CPU =      0.0648 (sec) ----------------
TotEng   =    173729.2625 KinEng   =     78851.3657 Temp     =   1017423.0440
PotEng   =     94877.8968 E_bond   =     93040.0890 E_angle  =      1838.2278
E_dihed  =        42.4633 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =        15.7058
E_coul   =       -58.5890 E_long   =         0.0000 Press    =   -110094.8168
ERROR on proc 4: Bond atoms 4 5 missing on proc 4 at step 852 (../neigh_bond.cpp:65)
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 4


经查，发现动能逐渐变的很大，即原先键连的原子分开了，所以找不到。
不知道为什么它们会分开啊？

恳请大侠帮忙
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1楼 2014-12-17 17:50:55
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ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你是不是应该把time step的设定放在minimize命令的后面？另外，检查一下动力学模拟的初始构象，看看有没有原子靠的特别近？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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好好学习，天天向上。
4楼2014-12-17 19:11:22
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ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你把time step减小试试看，一般都是这个原因

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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好好学习，天天向上。
2楼2014-12-17 18:40:13
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minbad

木虫 (正式写手)
设为0.1，结果仍是如此。。。应该不是这个理由，奇怪的很。。
仔细检查了键长键角信息，没有问题啊。
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3楼2014-12-17 19:03:48
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minbad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ktwyw at 2014-12-17 19:11:22
你是不是应该把time step的设定放在minimize命令的后面？另外，检查一下动力学模拟的初始构象，看看有没有原子靠的特别近？

timestep在minimize之前，这点确认过

minimize过后的结果也看了下，没有原子靠的很近。

但是一旦fix nve或者fix nvt，原子就跑开了。。。
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5楼2014-12-17 19:26:04
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