| 查看: 4405 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
minbad木虫 (正式写手)
|
[求助]
Lammps fixnve 为什么温度也一直升高啊？ 已有2人参与
|
|
|
一个有机分子和一个水，进行测试模拟，温度一致升高， 输入in文件 —————————————————————————————————— 1 ## Initialization 2 units real #default lj 3 atom_style full #default atomic 4 pair_style lj/cut/coul/cut 10.0 5 pair_modify mix geometric 6 bond_style harmonic 7 angle_style harmonic 8 dihedral_style opls 9 10 read_data data.glucose1wat 11 12 neighbor 2 bin 13 neigh_modify delay 0 every 1 check yes 14 15 timestep 0.5 # default 1fs in real units 16 17 group all molecule 1:2 18 19 thermo 20 20 thermo_style multi 21 22 dump min all custom 500 min.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz 23 dump_modify min sort id 24 minimize 1.0e-8 1.0e-8 500 20000 25 undump min 26 27 dump 2 all custom 20 nveMD1.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz 28 dump_modify 2 sort id 29 fix fixnve all nve #temp 300.0 300.0 100 30 run 20000 31 undump 2 32 unfix fixnve —————————————————————————————————— 最后就出现bonds atoms missing: ................. ---------------- Step 800 ----- CPU = 0.0614 (sec) ---------------- TotEng = 37433.3818 KinEng = 28019.5768 Temp = 361537.9752 PotEng = 9413.8050 E_bond = 8593.2434 E_angle = 694.9632 E_dihed = 30.0571 E_impro = 0.0000 E_vdwl = 198.2975 E_coul = -102.7561 E_long = 0.0000 Press = 42398.0431 ---------------- Step 820 ----- CPU = 0.0632 (sec) ---------------- TotEng = 173543.1558 KinEng = 50823.3926 Temp = 655776.7303 PotEng = 122719.7632 E_bond = 121031.4794 E_angle = 1585.6246 E_dihed = 35.0079 E_impro = 0.0000 E_vdwl = 186.2945 E_coul = -118.6432 E_long = 0.0000 Press = -262854.6486 ---------------- Step 840 ----- CPU = 0.0648 (sec) ---------------- TotEng = 173729.2625 KinEng = 78851.3657 Temp = 1017423.0440 PotEng = 94877.8968 E_bond = 93040.0890 E_angle = 1838.2278 E_dihed = 42.4633 E_impro = 0.0000 E_vdwl = 15.7058 E_coul = -58.5890 E_long = 0.0000 Press = -110094.8168 ERROR on proc 4: Bond atoms 4 5 missing on proc 4 at step 852 (../neigh_bond.cpp:65) application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 4 经查，发现动能逐渐变的很大，即原先键连的原子分开了，所以找不到。 不知道为什么它们会分开啊？ 恳请大侠帮忙 |
回复此楼» 猜你喜欢
0856化工专硕求调剂
已经有13人回复
-
272求调剂
已经有7人回复
-
26考研报考西工大材料308分求调剂
已经有4人回复
-
275求调剂
已经有4人回复
-
0856调剂
已经有6人回复
-
面上模板改不了页边距吧？
已经有7人回复
-
292求调剂
已经有7人回复
-
成果系统访问量大，请15分钟后再尝试。由此给您造成的不便，敬请谅解。
已经有5人回复
-
085600 英一数二272求调剂
已经有10人回复
-
考研复试调剂，过国家线的同学都可报名
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问lammps初始温度过高的问题
已经有4人回复
- 关于lammps fix npt/deform做拉伸时温度的变化
已经有6人回复
- LAMMPS温度控制----如何达到平衡态
已经有4人回复
- LAMMPS温度－步长曲线震荡
已经有11人回复
- 在LAMMPS中怎么控制温度变化速率
已经有4人回复
ktwyw
木虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 2726.8
- 散金: 500
- 红花: 41
- 帖子: 162
- 在线: 114.6小时
- 虫号: 143500
- 注册: 2005-12-22
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
4楼2014-12-17 19:11:22
ktwyw
木虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 2726.8
- 散金: 500
- 红花: 41
- 帖子: 162
- 在线: 114.6小时
- 虫号: 143500
- 注册: 2005-12-22
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
2楼2014-12-17 18:40:13
minbad
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1209.6
- 散金: 20
- 红花: 1
- 帖子: 609
- 在线: 80.1小时
- 虫号: 235223
- 注册: 2006-04-01
- 性别: GG
- 专业: 化学动力学
3楼2014-12-17 19:03:48
minbad
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1209.6
- 散金: 20
- 红花: 1
- 帖子: 609
- 在线: 80.1小时
- 虫号: 235223
- 注册: 2006-04-01
- 性别: GG
- 专业: 化学动力学
5楼2014-12-17 19:26:04
10