应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps fixnve 为什么温度也一直升高啊？
51/1返回列表
查看: 4467  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

minbad

木虫 (正式写手)

[求助] Lammps fixnve 为什么温度也一直升高啊？ 已有2人参与

一个有机分子和一个水，进行测试模拟，温度一致升高，
输入in文件

——————————————————————————————————
  1 ## Initialization                                                                                                                                
  2   units           real    #default lj
  3   atom_style      full    #default atomic
  4   pair_style      lj/cut/coul/cut 10.0  
  5   pair_modify     mix geometric
  6   bond_style      harmonic
  7   angle_style     harmonic
  8   dihedral_style  opls
  9  
10 read_data      data.glucose1wat
11   
12 neighbor   2 bin
13 neigh_modify delay 0 every 1 check yes
14   
15   timestep  0.5   # default 1fs in real units
16   
17   group all molecule 1:2
18   
19   thermo         20
20   thermo_style    multi
21   
22   dump           min all custom 500 min.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
23   dump_modify    min sort id
24   minimize       1.0e-8 1.0e-8 500 20000
25   undump         min
26   
27  dump           2 all custom 20 nveMD1.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
28  dump_modify    2 sort id
29  fix            fixnve all nve #temp 300.0 300.0 100
30  run 20000      
31  undump         2
32  unfix          fixnve
——————————————————————————————————

最后就出现bonds atoms missing:


.................

---------------- Step      800 ----- CPU =      0.0614 (sec) ----------------
TotEng   =     37433.3818 KinEng   =     28019.5768 Temp     =    361537.9752
PotEng   =      9413.8050 E_bond   =      8593.2434 E_angle  =       694.9632
E_dihed  =        30.0571 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =       198.2975
E_coul   =      -102.7561 E_long   =         0.0000 Press    =     42398.0431
---------------- Step      820 ----- CPU =      0.0632 (sec) ----------------
TotEng   =    173543.1558 KinEng   =     50823.3926 Temp     =    655776.7303
PotEng   =    122719.7632 E_bond   =    121031.4794 E_angle  =      1585.6246
E_dihed  =        35.0079 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =       186.2945
E_coul   =      -118.6432 E_long   =         0.0000 Press    =   -262854.6486
---------------- Step      840 ----- CPU =      0.0648 (sec) ----------------
TotEng   =    173729.2625 KinEng   =     78851.3657 Temp     =   1017423.0440
PotEng   =     94877.8968 E_bond   =     93040.0890 E_angle  =      1838.2278
E_dihed  =        42.4633 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =        15.7058
E_coul   =       -58.5890 E_long   =         0.0000 Press    =   -110094.8168
ERROR on proc 4: Bond atoms 4 5 missing on proc 4 at step 852 (../neigh_bond.cpp:65)
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 4


经查，发现动能逐渐变的很大，即原先键连的原子分开了，所以找不到。
不知道为什么它们会分开啊？

恳请大侠帮忙
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-12-17 17:50:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你是不是应该把time step的设定放在minimize命令的后面？另外，检查一下动力学模拟的初始构象，看看有没有原子靠的特别近？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
4楼2014-12-17 19:11:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你把time step减小试试看，一般都是这个原因

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
2楼2014-12-17 18:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minbad

木虫 (正式写手)
设为0.1，结果仍是如此。。。应该不是这个理由，奇怪的很。。
仔细检查了键长键角信息，没有问题啊。
赞一下 回复此楼
3楼2014-12-17 19:03:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minbad

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ktwyw at 2014-12-17 19:11:22
你是不是应该把time step的设定放在minimize命令的后面？另外，检查一下动力学模拟的初始构象，看看有没有原子靠的特别近？

timestep在minimize之前，这点确认过

minimize过后的结果也看了下，没有原子靠的很近。

但是一旦fix nve或者fix nvt，原子就跑开了。。。
赞一下 回复此楼
5楼2014-12-17 19:26:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 339求调剂 +7 hanwudada 2026-04-11 7/350 2026-04-11 23:06 by 852137818
[考研] 求调剂 +10 璃茉一定上岸 2026-04-10 10/500 2026-04-11 13:31 by 1005715100
[考研] 296求调剂 +13 汪！？！ 2026-04-10 15/750 2026-04-11 10:31 by 逆水乘风
[考研] 还有化工二轮调剂的学校吗 5+14 化工人999 2026-04-09 48/2400 2026-04-11 10:27 by 89436494
[考研] 0854调剂 +8 950824he@ 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:11 by zhq0425
[考研] 生物学308求调剂（一志愿华东师大） +6 相信必会光芒万� 2026-04-10 6/300 2026-04-11 05:23 by zhuwenxu
[考研] 化学工程与技术324调剂 +23 孙常华 2026-04-09 25/1250 2026-04-11 00:07 by 骑牛渡寒江
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 一志愿矿大，材料工程专硕314分，0856可调都可以 +15 无懈可击的巨人 2026-04-09 15/750 2026-04-10 18:10 by hmn_wj
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:01 by Orcid
[考研] 274求调剂 +5 山阿蔓 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:28 by 18828373951
[考研] 368化学求调剂 +13 wwwwabcde 2026-04-07 14/700 2026-04-09 14:47 by heaven_jay
[考研] 材料专硕322 +14 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-05 14/700 2026-04-09 13:25 by 5268321
[考研] 机械专硕273请求调剂 +6 庚申壬申 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:41 by bljnqdcc
[考研] 277求调剂 +4 考研调剂lxh 2026-04-06 6/300 2026-04-08 10:40 by 逆水乘风
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
[考研] 318求调剂 +5 李青山山山 2026-04-07 5/250 2026-04-07 18:24 by 蓝云思雨
[考研] 316求调剂 +7 yyx想调剂 2026-04-05 7/350 2026-04-07 14:31 by shdgaomin
[考研] 生物学学硕求调剂：351分一志愿南京师范大学生物学专业 +6 …～、王…～ 2026-04-06 7/350 2026-04-06 18:54 by macy2011
[考研] 283求调剂 +5 baiiyu 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:35 by 啵啵啵0119
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭