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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何在MS的三维界面上画出一个圆柱形状的区域啊？
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楼1970-01-01 08:00:00
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-15 20:42:36
长大小慧慧(月只蓝代发): 金币+5, 感谢指导 2015-01-15 20:42:45
引用回帖:
3楼: Originally posted by 长大小慧慧 at 2014-12-16 11:09:29
首先非常感谢您的回复，我是在MS中画好水分子盒子后，然后想得到如下图所示的一个水分子的球形，所以需要在画好的水分子盒子中选定一定的区域，不知道这个在MS中能否完成啊？如何完成啊？

@{%(BI}ECZ}@}U0FE@CJZQ ...

你的意思是在水盒子当中挖出一个球形/圆柱形水分子吗？

我了解的MS里选择有两种
鼠标的点选、框选
atom selecttion by property

可以先把盒子里的H原子全部删除避免干扰因素

要做球形的话可以盒子中间add atom ，比如不相关的Pb什么的，选中Pb，atom selection，radial distance，设定within 5A ，就得到以5A为半径的球形区域中的O原子了。右键copy，删除盒子中所有原子，再paste回刚才copy的O原子，自动加H。就是球形范围的H2O


圆柱形的我还没想出来 你可以看看atom selection的下拉菜单
我现在能想到的导出所有氧原子坐标，好像是.xyz格式
在excel里计算删除与盒子中心距离大于5A的O原子
将修改好的.xyz结构文件导入MS软件，补足H原子
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-12-16 15:02:34
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-15 20:42:27
长大小慧慧(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-15 20:42:30
MS不是专业的画图软件
图片的后期处理建议用PS或者其他的
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-12-16 09:16:59
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长大小慧慧

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-12-16 09:16:59
MS不是专业的画图软件
图片的后期处理建议用PS或者其他的

首先非常感谢您的回复，我是在MS中画好水分子盒子后，然后想得到如下图所示的一个水分子的球形，所以需要在画好的水分子盒子中选定一定的区域，不知道这个在MS中能否完成啊？如何完成啊？
如何在MS的三维界面上画出一个圆柱形状的区域啊？
@{%(BI}ECZ}@}U0FE@CJZQT.jpg
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3楼2014-12-16 11:09:29
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
不是可以直接建吗？
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5楼2015-01-15 17:12:44
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