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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求助：VMD建模蛋白三聚体之间出现一些原来没有的键
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羽翼之南

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：VMD建模蛋白三聚体之间出现一些原来没有的键 已有1人参与

一个蛋白质三聚体的PDB文件使用vmd生成psf文件后，出现一堆原来没有的链。新手，求大神帮助！~~如附件图，近乎直线的那些链只打开pdb是没有的。。。

求助：VMD建模蛋白三聚体之间出现一些原来没有的键
snap_看图王.png
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1楼 2014-12-13 17:17:17
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gn02530640

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

??????????????????????????????????????????????

?????????????????457??л???????????ALA?л????????OXT????????????top_all27_prot_lipid_na.inp (??rtf???) ????????????????У???Щ???????????top?????????????????????????????????????psf?????????о?????????????????????????????top??????????е???鷳????????????top???????????????psf?????

???????????VMD??Modeling??Automatic PSF Builder ??????psf?????????????鲻??????????????????????????????????psf????????Щ??

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6楼2014-12-14 21:23:28
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gn02530640

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用文本编辑器打开pdb文件，最下面是否有 CONECT 的信息? 有的话全部删掉，存档后再用 VMD 打开来看看
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2楼2014-12-13 21:28:18
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gn02530640

银虫 (小有名气)
忘了说，建议另存成新的文件(也就是保留原pdb文件)

还是不行的话把pdb文件上传吧，我假日有空找时间来试试
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3楼2014-12-13 21:32:34
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羽翼之南

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-12-13 21:32:34
忘了说，建议另存成新的文件(也就是保留原pdb文件)

还是不行的话把pdb文件上传吧，我假日有空找时间来试试

附件是pdb，刚刚找了好像没有那部分。。
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  • 附件 1 : mine.pdb
    • 2014-12-14 18:16:05, 285.82 K
4楼2014-12-14 18:16:46
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