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求助：VMD建模蛋白三聚体之间出现一些原来没有的键已有1人参与
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一个蛋白质三聚体的PDB文件使用vmd生成psf文件后，出现一堆原来没有的链。新手，求大神帮助！~~如附件图，近乎直线的那些链只打开pdb是没有的。。。 snap_看图王.png |
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2楼2014-12-13 21:28:18
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【答案】应助回帖
我不是大神，跟您一样还是个新手，以后也请多多指教，大家交流交流 快速瞄了一下，您的第457号残基并不是标准的ALA残基呢，另外OXT这个原子名称在top_all27_prot_lipid_na.inp (或rtf文件) 这个拓�?文件里面也没有，这些都需要事先在top文件里定义好原子名称、类型和分子结构，否则在生成psf文件的过程中就容易出错。不晓得楼主是否已经编辑过top文件了?如果有的话麻烦请您也一并附上top文件还有已经生成的psf文件。 如果楼主是使用VMD的Modeling→Automatic PSF Builder 来生成psf文件的话，强烈建议不要这样做，还是照着中文教程的方法手动生成psf文件比较好一些。 先这样  |
6楼2014-12-14 21:23:28