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分子轨道分析,判断轨道类型已有5人参与
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我用gauss计算得到分子轨道后,咋样分析得到它的轨道类型,比如它是成键轨道还是反键轨道,或者是θ轨道还是π轨道? 刚学gauss,请大神指教!!!! |
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zhangmt
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【答案】应助回帖
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小红豆: 金币+50, 回帖奖励 2019-01-30 00:15:46
小红豆: 金币+50, 回帖奖励 2019-01-30 00:15:46
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分子轨道:Molecular Orbital, 简写MO,这个除非是简单分子体系,否则一般难以指认属于σ键还是π键,因为分子轨道的概念是电子弥散于整个体系中,根据LCAO的假设,任何MO轨道几乎都是由各个原子的AO线性组合而成的,所以是尽可能的复杂(这样就可以得到尽可能低的轨道能量),就是说,MO是不应该对应任何键的。而非要指定某个MO是哪个键,这是非要把分子轨道理论的计算结果用价键轨道理论去解释,就如同要用牛顿经典力学去解释量子世界一样,满拧了。但是,你根本无法跟实验化学家去解释这些,他们听不懂。他们能理解价键理论就很不错了,所以,他们一定要问你,这个HOMO和LUMO到底是什么键的轨道,就比如他指着汽车轱辘问你,这是金属的还是橡胶的,实际上主体框架是金属的,外面是橡胶的,这是个综合体,如果按重量比,可以给出橡胶和金属的比例,或者按照体积比给也行,但他必须让你给出一个答案,这就很难了。除非他指着车窗问你,你可以说,那是玻璃的(还是在忽略车窗贴膜的前提下)。所以,除非在特殊情况下,MO可以近似指定为价键理论中的σ键还是π键,否则,最多也就是按最大的组成比例给他个让他满意的答案。也就是说,他的问题本身就是错误的。所以,基于分子轨道理论下,我们只能把辛辛苦苦用MO理论计算出来的结果,再做个轨道成分分析,指出某个MO比如HOMO中,C的p轨道占多少成分,Fe的d轨道占多少成分等等,然后在简单特例的情况下,分析出这个接近于哪种成键方式,给他一个答案。比如,在你的例子中(这是个极其简单的特例),对MO8而言,C1和C2中2PZ/3PZ的系数分别都是0.42304、0.28402(注意,这里的2PZ/3PZ并不是平时我们说的C原子的2PZ/3PZ轨道,这是因为你用了劈裂基组,原本的2p轨道,被分成两个AO函数分别表示的,也就是说他俩综合起来才是描述C的2p轨道的),其他的系数都接近0,那么这个MO8就可以看成是C1和C2的π键轨道了。如果你用GView打开chk文件(最好先转化成fchk文件,否则gview也是自动先临时转换成fchk文件再阅读的),然后看MO8的形状,也会看见这是个标准的π键轨道的。 好在我们还有NBO——注意,不是MO。NBO是自然键轨道理论,这个比较符合实验化学家的那点理论基础,那就是把明明我们用MO计算的结果,再重新做一个NBO分析(当你用英文写好一篇论文时,读者看不懂,你只好再用汉语写一遍——不是翻译,而是重新写,所以不可能是一一对应的)——注意,这二者是不等价的。经过NBO分析,可以列出每个NBO轨道的成键方式,而且NBO轨道的能量也有不同的能级,看起来似乎挺像MO的,但绝不能说最高占据轨道的NBO就是HOMO,最低非占据的NBO也不等价于LUMO。但至少我们可以明确的告诉他,哪个NBO是什么键了,虽然这跟最初他那个错误的问题"HOMO是什么成键方式的"有了区别,但对于错误的问题,我们也只能修改他的问题,想办法蒙混过关了。这样,重新做NBO分析,每个NBO都有指定的键类型,也都有明确的轨道能级,找到最高占据的那个NBO轨道,给出键类型即可(虽然这个时候最高占据的NBO轨道,跟HOMO描述的很可能不是一回事——简单体系一般差不多,但复杂体系就绝不是一回事)。至于写法很简单,pop=nbo即可。当然,如果你想在gview中看到NBO而不是MO,那么就写成pop=(nbo, savenbos),这样,你再用gview打开chk文件看轨道,看到的就是NBO轨道了。或者简单点,直接打开log文件,你应该能看到以下内容: (Occupancy) Bond orbital/ Coefficients/ Hybrids --------------------------------------------------------------------------------- 1. (2.00000) BD ( 1) C 1 - C 2 ( 50.00%) 0.7071* C 1 s( 0.00%)p 1.00(100.00%) 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.9990 -0.0440 ( 50.00%) 0.7071* C 2 s( 0.00%)p 1.00(100.00%) 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.9990 -0.0440 这里说明,NBO的第1号轨道,是BD(bond,表示成键),C1-C2不用解释,就是他俩成键的,p都是100%,两个肩并肩的π键就出来了。 同样,还有 21. (0.00000) BD*( 1) C 1 - C 2 ( 50.00%) 0.7071* C 1 s( 0.00%)p 1.00(100.00%) ( 50.00%) -0.7071* C 2 s( 0.00%)p 1.00(100.00%) 说明21号NBO轨道,是反键BD*,同样是C1-C2的π* 为啥拿这俩说话呢?最初不是问HOMO/LUMO么? 因为NBO分析时,并不是按照能级顺序给编号的。它先找成键,再找核心电子(CR),再找孤对电子(LP),再找里德堡轨道(RY*)和反键轨道(BD*),所以那个编号不代表能级顺序,只是它搜索出来的顺序,不过没关系,每个轨道的能量它也计算出来,最后再告诉你能级排序。你在稍后一些的地方,可以找到: Sorting of NBOs: 8 7 2 4 6 3 5 1 21 25 Reordering of NBOs for storage: 8 7 2 4 6 3 5 1 21 25 之类的,同时,你也能数出来,总共占据的轨道有8条(怎么看出来是8条占据轨道呢?方法有二:一是体系总电子数除以2,二是你能数出来BD的有6个,CR有2个,你的乙烯体系中没有孤对电子),那么能看出来排序第8的,是1号NBO——你就假装这个就是HOMO来欺骗实验化学家,用1号NBO是π成键轨道,来告诉他,你的HOMO是π成键轨道。同样,排序第9的是21号NBO,你就骗他说,这个21号是个π*,就是你要的LUMO的键类型。完事大吉,他也高兴了,你也解决问题了。在这种极其简单的体系中,你这么骗他,一般不会出什么问题的——即便有问题他们也不懂。但搞理论计算的人自己心里清楚,这根本不是一回事。 我说的够清楚了吧。 |

10楼2015-01-11 02:36:36
zhou2009
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2楼2014-12-08 16:42:16

3楼2014-12-08 18:59:25
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我的基础很差,还是不懂,咋样看相位呢,例如我算了一个CH2=CH2的轨道,它的轨道信息如下Orbital symmetries: Occupied (AG) (BU) (AG) (BU) (BU) (AG) (AG) (AU) Virtual (BG) (AG) (BU) (BU) (AG) (BU) (AG) (AU) (BU) (BG) (AG) (BU) (AG) (BU) (BU) (AG) (BU) (AG) The electronic state is 1-AG. Alpha occ. eigenvalues -- -10.18261 -10.18176 -0.75945 -0.57691 -0.46360 Alpha occ. eigenvalues -- -0.42364 -0.34840 -0.27023 Alpha virt. eigenvalues -- 0.01835 0.12112 0.13469 0.15187 0.24242 Alpha virt. eigenvalues -- 0.33580 0.49249 0.55266 0.58442 0.63585 Alpha virt. eigenvalues -- 0.69821 0.73485 0.86153 0.90283 0.95253 Alpha virt. eigenvalues -- 0.95397 1.13972 1.23441 Molecular Orbital Coefficients 1 2 3 4 5 (AG)--O (BU)--O (AG)--O (BU)--O (BU)--O EIGENVALUES -- -10.18261 -10.18176 -0.75945 -0.57691 -0.46360 1 1 C 1S 0.70352 0.70379 -0.15980 -0.12207 0.00000 2 2S 0.02316 0.02630 0.31296 0.24683 0.00000 3 2PX 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.33251 4 2PY 0.00080 -0.00115 -0.11112 0.16982 0.00000 5 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 6 3S -0.01211 -0.02706 0.22389 0.23273 0.00000 7 3PX 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.12188 8 3PY -0.00158 0.00556 -0.00319 0.06084 0.00000 9 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 10 2 C 1S 0.70352 -0.70379 -0.15980 0.12207 0.00000 11 2S 0.02316 -0.02630 0.31296 -0.24683 0.00000 12 2PX 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.33251 13 2PY -0.00080 -0.00115 0.11112 0.16982 0.00000 14 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 15 3S -0.01211 0.02706 0.22389 -0.23273 0.00000 16 3PX 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.12188 17 3PY 0.00158 0.00556 0.00319 0.06084 0.00000 18 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 19 3 H 1S -0.00089 -0.00049 0.08273 0.14825 0.15507 20 2S 0.00351 0.00317 0.01894 0.06991 0.11232 21 4 H 1S -0.00089 -0.00049 0.08273 0.14825 -0.15506 22 2S 0.00351 0.00317 0.01894 0.06992 -0.11232 23 5 H 1S -0.00089 0.00049 0.08273 -0.14825 -0.15507 24 2S 0.00351 -0.00317 0.01894 -0.06991 -0.11232 25 6 H 1S -0.00089 0.00049 0.08273 -0.14825 0.15506 26 2S 0.00351 -0.00317 0.01894 -0.06992 0.11232 6 7 8 9 10 (AG)--O (AG)--O (AU)--O (BG)--V (AG)--V EIGENVALUES -- -0.42364 -0.34840 -0.27023 0.01835 0.12112 1 1 C 1S 0.01136 0.00000 0.00000 0.00000 -0.08040 2 2S -0.02553 0.00000 0.00000 0.00000 0.12273 3 2PX -0.00001 0.30880 0.00000 0.00000 0.00001 4 2PY 0.41534 0.00002 0.00000 0.00000 0.18836 5 2PZ 0.00000 0.00000 0.40456 0.42304 0.00000 6 3S 0.00531 0.00000 0.00000 0.00000 1.36135 7 3PX 0.00000 0.12713 0.00000 0.00000 0.00002 8 3PY 0.13321 0.00001 0.00000 0.00000 0.59696 9 3PZ 0.00000 0.00000 0.28402 0.64094 0.00000 10 2 C 1S 0.01136 0.00000 0.00000 0.00000 -0.08040 11 2S -0.02553 0.00000 0.00000 0.00000 0.12273 12 2PX 0.00001 -0.30880 0.00000 0.00000 -0.00001 13 2PY -0.41534 -0.00002 0.00000 0.00000 -0.18836 14 2PZ 0.00000 0.00000 0.40456 -0.42304 0.00000 15 3S 0.00531 0.00000 0.00000 0.00000 1.36135 16 3PX 0.00000 -0.12713 0.00000 0.00000 -0.00002 17 3PY -0.13321 -0.00001 0.00000 0.00000 -0.59696 18 3PZ 0.00000 0.00000 0.28402 -0.64094 0.00000 19 3 H 1S 0.12921 0.20358 0.00000 0.00000 -0.04210 20 2S 0.10847 0.19526 0.00000 0.00000 -0.97150 21 4 H 1S 0.12923 -0.20357 0.00000 0.00000 -0.04210 22 2S 0.10848 -0.19525 0.00000 0.00000 -0.97149 23 5 H 1S 0.12921 0.20358 0.00000 0.00000 -0.04210 24 2S 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-0.03166 -0.03423 26 2S 0.07702 -0.03731 0.00000 -0.03423 -0.03653 21 22 23 24 25 21 4 H 1S 0.22202 22 2S 0.16622 0.13555 23 5 H 1S -0.03166 -0.03423 0.22202 24 2S -0.03423 -0.03653 0.16622 0.13555 25 6 H 1S 0.03792 0.05510 -0.03993 -0.06244 0.22202 26 2S 0.05510 0.06549 -0.06244 -0.06741 0.16622 26 26 2S 0.13555 Full Mulliken population analysis: 1 2 3 4 5 1 1 C 1S 2.06165 2 2S -0.01999 0.32150 3 2PX 0.00000 0.00000 0.41184 4 2PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.42739 5 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.32735 6 3S -0.03379 0.20532 0.00000 0.00000 0.00000 7 3PX 0.00000 0.00000 0.09092 0.00000 0.00000 8 3PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.07521 0.00000 9 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.13094 10 2 C 1S 0.00000 -0.00096 0.00000 -0.00411 0.00000 11 2S -0.00096 0.01600 0.00000 0.05108 0.00000 12 2PX 0.00000 0.00000 0.00372 0.00000 0.00000 13 2PY -0.00411 0.05108 0.00000 0.10620 0.00000 14 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.04010 15 3S 0.00043 0.00951 0.00000 0.03187 0.00000 16 3PX 0.00000 0.00000 0.00063 0.00000 0.00000 17 3PY -0.00116 0.02224 0.00000 0.01477 0.00000 18 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.05717 19 3 H 1S -0.00195 0.03176 0.07011 0.02741 0.00000 20 2S -0.00103 0.01944 0.04364 0.01574 0.00000 21 4 H 1S -0.00195 0.03177 0.07011 0.02742 0.00000 22 2S -0.00103 0.01944 0.04363 0.01574 0.00000 23 5 H 1S 0.00000 -0.00022 -0.00017 -0.00059 0.00000 24 2S 0.00020 -0.00310 -0.00226 -0.00637 0.00000 25 6 H 1S 0.00000 -0.00022 -0.00017 -0.00059 0.00000 26 2S 0.00020 -0.00310 -0.00226 -0.00637 0.00000 6 7 8 9 10 6 3S 0.21039 7 3PX 0.00000 0.06204 8 3PY 0.00000 0.00000 0.04298 9 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.16134 10 2 C 1S 0.00043 0.00000 -0.00116 0.00000 2.06165 11 2S 0.00951 0.00000 0.02224 0.00000 -0.01999 12 2PX 0.00000 0.00063 0.00000 0.00000 0.00000 13 2PY 0.03187 0.00000 0.01477 0.00000 0.00000 14 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.05717 0.00000 15 3S -0.00541 0.00000 0.01696 0.00000 -0.03379 16 3PX 0.00000 -0.00154 0.00000 0.00000 0.00000 17 3PY 0.01696 0.00000 0.00098 0.00000 0.00000 18 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.09500 0.00000 19 3 H 1S 0.04016 0.03876 0.01444 0.00000 0.00000 20 2S 0.02938 0.03784 0.01178 0.00000 0.00020 21 4 H 1S 0.04016 0.03876 0.01444 0.00000 0.00000 22 2S 0.02938 0.03784 0.01178 0.00000 0.00020 23 5 H 1S -0.00227 -0.00119 -0.00282 0.00000 -0.00195 24 2S -0.00600 -0.00410 -0.00774 0.00000 -0.00103 25 6 H 1S -0.00227 -0.00119 -0.00282 0.00000 -0.00195 26 2S -0.00600 -0.00410 -0.00774 0.00000 -0.00103 11 12 13 14 15 11 2S 0.32150 12 2PX 0.00000 0.41184 13 2PY 0.00000 0.00000 0.42739 14 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.32735 15 3S 0.20532 0.00000 0.00000 0.00000 0.21039 16 3PX 0.00000 0.09092 0.00000 0.00000 0.00000 17 3PY 0.00000 0.00000 0.07521 0.00000 0.00000 18 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.13094 0.00000 19 3 H 1S -0.00022 -0.00017 -0.00059 0.00000 -0.00227 20 2S -0.00310 -0.00226 -0.00637 0.00000 -0.00600 21 4 H 1S -0.00022 -0.00017 -0.00059 0.00000 -0.00227 22 2S -0.00310 -0.00226 -0.00637 0.00000 -0.00600 23 5 H 1S 0.03176 0.07011 0.02741 0.00000 0.04016 24 2S 0.01944 0.04364 0.01574 0.00000 0.02938 25 6 H 1S 0.03177 0.07011 0.02742 0.00000 0.04016 26 2S 0.01944 0.04363 0.01574 0.00000 0.02938 16 17 18 19 20 16 3PX 0.06204 17 3PY 0.00000 0.04298 18 3PZ 0.00000 0.00000 0.16134 19 3 H 1S -0.00119 -0.00282 0.00000 0.22202 20 2S -0.00410 -0.00774 0.00000 0.10942 0.13555 21 4 H 1S -0.00119 -0.00282 0.00000 -0.00055 -0.00830 22 2S -0.00410 -0.00774 0.00000 -0.00830 -0.02521 23 5 H 1S 0.03876 0.01444 0.00000 0.00000 0.00039 24 2S 0.03784 0.01178 0.00000 0.00039 0.00397 25 6 H 1S 0.03876 0.01444 0.00000 -0.00002 -0.00118 26 2S 0.03784 0.01178 0.00000 -0.00118 -0.00593 21 22 23 24 25 21 4 H 1S 0.22202 22 2S 0.10942 0.13555 23 5 H 1S -0.00002 -0.00118 0.22202 24 2S -0.00118 -0.00593 0.10942 0.13555 25 6 H 1S 0.00000 0.00039 -0.00055 -0.00830 0.22202 26 2S 0.00039 0.00397 -0.00830 -0.02521 0.10942 26 26 2S 0.13555 Gross orbital populations: 1 1 1 C 1S 1.99652 2 2S 0.70047 3 2PX 0.72974 4 2PY 0.77480 5 2PZ 0.55555 6 3S 0.55783 7 3PX 0.29465 8 3PY 0.20329 9 3PZ 0.44445 10 2 C 1S 1.99652 11 2S 0.70047 12 2PX 0.72974 13 2PY 0.77480 14 2PZ 0.55555 15 3S 0.55783 16 3PX 0.29465 17 3PY 0.20329 18 3PZ 0.44445 19 3 H 1S 0.53522 20 2S 0.33613 21 4 H 1S 0.53522 22 2S 0.33613 23 5 H 1S 0.53522 24 2S 0.33613 25 6 H 1S 0.53522 26 2S 0.33613 Condensed to atoms (all electrons): 1 2 3 4 5 6 1 C 4.923684 0.651930 0.377486 0.377486 -0.036642 -0.036640 2 C 0.651930 4.923684 -0.036642 -0.036640 0.377486 0.377486 3 H 0.377486 -0.036642 0.576410 -0.042359 0.004747 -0.008293 4 H 0.377486 -0.036640 -0.042359 0.576405 -0.008293 0.004747 5 H -0.036642 0.377486 0.004747 -0.008293 0.576410 -0.042359 6 H -0.036640 0.377486 -0.008293 0.004747 -0.042359 0.576405 Mulliken atomic charges: 1 1 C -0.257304 2 C -0.257304 3 H 0.128651 4 H 0.128654 5 H 0.128651 6 H 0.128654 Sum of Mulliken charges= 0.00000 Atomic charges with hydrogens summed into heavy atoms: 1 1 C 0.000000 2 C 0.000000 3 H 0.000000 4 H 0.000000 5 H 0.000000 6 H 0.000000 Sum of Mulliken charges= 0.00000 Electronic spatial extent (au): <R**2>= 82.8777 Charge= 0.0000 electrons Dipole moment (field-independent basis, Debye): X= 0.0000 Y= 0.0000 Z= 0.0000 Tot= 0.0000 Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang): XX= -12.2744 YY= -12.0050 ZZ= -15.1209 XY= -0.0001 XZ= 0.0000 YZ= 0.0000 Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang): XX= 0.8590 YY= 1.1284 ZZ= -1.9874 XY= -0.0001 XZ= 0.0000 YZ= 0.0000 Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2): XXX= 0.0000 YYY= 0.0000 ZZZ= 0.0000 XYY= 0.0000 XXY= 0.0000 XXZ= 0.0000 XZZ= 0.0000 YZZ= 0.0000 YYZ= 0.0000 XYZ= 0.0000 Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3): XXXX= -26.6959 YYYY= -67.0029 ZZZZ= -15.6279 XXXY= 0.0000 XXXZ= 0.0000 YYYX= -0.0003 YYYZ= 0.0000 ZZZX= 0.0000 ZZZY= 0.0000 XXYY= -13.4745 XXZZ= -7.5860 YYZZ= -14.7996 XXYZ= 0.0000 YYXZ= 0.0000 ZZXY= 0.0000 N-N= 3.322632722161D+01 E-N=-2.480695501829D+02 KE= 7.804329329402D+01 Symmetry AG KE= 3.961527389929D+01 Symmetry BG KE= 7.258341764219D-34 Symmetry AU KE= 2.097306496111D+00 Symmetry BU KE= 3.633071289861D+01 Orbital energies and kinetic energies (alpha): 1 2 1 (AG)--O -10.18261 15.95813 2 (BU)--O -10.18176 15.96260 3 (AG)--O -0.75945 1.54489 4 (BU)--O -0.57691 1.26473 5 (BU)--O -0.46360 0.93802 6 (AG)--O -0.42364 1.26816 7 (AG)--O -0.34840 1.03645 8 (AU)--O -0.27023 1.04865 9 (BG)--V 0.01835 1.24152 10 (AG)--V 0.12112 0.90254 11 (BU)--V 0.13469 0.90608 12 (BU)--V 0.15187 1.13207 13 (AG)--V 0.24242 0.98826 14 (BU)--V 0.33580 1.09653 15 (AG)--V 0.49249 1.47680 16 (AU)--V 0.55266 2.02210 17 (BU)--V 0.58442 1.55977 18 (BG)--V 0.63585 2.27598 19 (AG)--V 0.69821 1.61802 20 (BU)--V 0.73485 2.76408 21 (AG)--V 0.86153 2.91129 22 (BU)--V 0.90283 2.64420 23 (BU)--V 0.95253 2.89451 24 (AG)--V 0.95397 2.71311 25 (BU)--V 1.13972 2.66633 26 (AG)--V 1.23441 2.23436 Total kinetic energy from orbitals= 7.804329329402D+01 1|1|UNPC-UNK|SP|RB3LYP|6-31G|C2H4|PCUSER|08-Dec-2014|0||# B3LYP/6-31G POP=FULL GEOM=CONNECTIVITY||Title Card Required||0,1|C|C,1,1.325916|H, 1,1.09826653,2,122.71594253|H,1,1.0982631,2,122.71797992,3,180.,0|H,2, 1.09826653,1,122.71594252,4,0.,0|H,2,1.0982631,1,122.71797992,4,-180., 0||Version=x86-Win32-G03RevB.03|State=1-AG|HF=-78.5715364|RMSD=2.285e- 005|Dipole=0.,0.,0.|PG=C02H [SGH(C2H4)]||@ 咋样得出C-C轨道类型或C-H轨道类型?麻烦了,帮我分析一下! |
4楼2014-12-08 19:23:46
xieruobing
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5楼2014-12-10 18:32:36
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6楼2014-12-12 12:38:06
小范范1989
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7楼2015-01-08 23:50:16
zhangmt
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8楼2015-01-09 07:01:45
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