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雁儿霏霏

木虫 (正式写手)

[求助] 请教siesta编译“Error in opening the compiled module file”错误问题

请教siesta编译“Error in opening the compiled module file”错误问题,看到有的论坛上说是linux系统中对库函数的调用问题,请教如何解决,还请各位大虾指教。谢谢!!!!!!!!!!



错误如下:

Hit ^C to abort...

==> Incorporating information about present compilation (compiler and flags)
make[1]: Entering directory `/root/Desktop/siesta/siesta-3.2/Obj'
mpif90 -c -i-static -g -O2   `FoX/FoX-config --fcflags` -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT  -DMPI  compinfo.F90
make[1]: Leaving directory `/root/Desktop/siesta/siesta-3.2/Obj'
#@rm -f compinfo.F90

mpif90 -c -i-static -g -O2   `FoX/FoX-config --fcflags` -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT  -DMPI   /root/Desktop/siesta/siesta-3.2/Src/sys.F
/root/Desktop/siesta/siesta-3.2/Src/sys.F(23): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [MPI_SIESTA]
      use mpi_siesta
----------^
/root/Desktop/siesta/siesta-3.2/Src/sys.F(42): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [MPI_SIESTA]
      use mpi_siesta
----------^
/root/Desktop/siesta/siesta-3.2/Src/sys.F(81): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [MPI_SIESTA]
      use mpi_siesta
----------^
compilation aborted for /root/Desktop/siesta/siesta-3.2/Src/sys.F (code 1)
make: *** [sys.o] 错误 1
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我美丽我漂亮我是青岛嫚!
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur


ljw4010: 金币+1, 谢谢交流! 2014-12-07 22:05:55
不妨makefile贴来看看,报错报的是include,估计mpi的include的路径设置有问题。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-12-07 16:00:31
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雁儿霏霏

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-12-07 16:00:31
不妨makefile贴来看看,报错报的是include,估计mpi的include的路径设置有问题。

以下是make文件,麻烦帮忙看看,是不是MPI_INTERFACE和MPI_INCLUDE不对,用的是openmpi的,谢谢!!!!!

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-i-static -g -O2
FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT  -DMPI
LDFLAGS=

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide
LAPACK_LIBS=-L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64


COMP_LIBS=

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.libvt-mpi-unify.a.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/root/Desktop/siesta/openmpi-1.3.4/soft/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<
我美丽我漂亮我是青岛嫚!
3楼2014-12-07 17:18:52
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
3楼: Originally posted by 雁儿霏霏 at 2014-12-07 17:18:52
以下是make文件,麻烦帮忙看看,是不是MPI_INTERFACE和MPI_INCLUDE不对,用的是openmpi的,谢谢!!!!!

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib
...

makefile看起来没啥问题,不过我不确定你的openmpi的路径是否正确。
过程应该是先安装openmpi,./configure CC=gcc FC=ifort --prefix=....
make && make install
不过我不是很确定你这里的include的路径是不是$PREFIX/include。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
4楼2014-12-07 19:17:56
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雁儿霏霏

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-12-07 19:17:56
makefile看起来没啥问题,不过我不确定你的openmpi的路径是否正确。
过程应该是先安装openmpi,./configure CC=gcc FC=ifort --prefix=....
make && make install
不过我不是很确定你这里的include的路 ...

忽然发现$PREFIX/include是对的,但是没有libmpi_f90.a。
是不是编译openmpi错误?但是编译也通过了,跟你说的步骤一致。
我美丽我漂亮我是青岛嫚!
5楼2014-12-07 20:31:28
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
5楼: Originally posted by 雁儿霏霏 at 2014-12-07 20:31:28
忽然发现$PREFIX/include是对的,但是没有libmpi_f90.a。
是不是编译openmpi错误?但是编译也通过了,跟你说的步骤一致。...

libmpi_f90.a应该只是出现在$siesta/Obj下面,从makefile的路径来看没错。

是应该检查一下openmpi的编译有没有问题。这个仅仅通过描述我也查不出什么错。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
6楼2014-12-07 20:48:50
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chenweiguang

金虫 (小有名气)

你的openmpi的位置比较奇怪,但makefile文件本身应该没啥问题。
怎么用起来siesta了
7楼2015-03-24 17:55:10
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