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wangyulinup

金虫 (正式写手)

[求助] DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!! 已有1人参与

本人,小硕一枚,模拟初手,用DL_POLY做MD。原先用实验室单机使用DL_POLY4.03 做MD计算,但实在是太慢。最近最老师在尝试在机群上安装了DL_POLY4.04,让我尝试做MD 计算,我倍感高兴,计算速度提高了很多倍。。但有些作业能正常计算算得相当快很给力,但问题是,也有些作业提交后都没开始计算立马会出现error-65 ,如图1。
       关于error-65,我找到了DL_POLY4.03与DL_POLY 2两个版本的手册,相应的解释分别如下截图(图2,图3)。根据手册,多次尝试想修改子程序,但本人程序功底实在太差,因此,只能裹足不前,眼睁睁的看着伟大的机群,却只能在单机上耗。。。现发此贴恳请大师出手相助,晚辈将感激不尽!

DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!!
图1.jpg


DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!!-1
图2.jpg


DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!!-2
图3.jpg
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oxox6085

专家顾问 (正式写手)

单机可以机群不可以?感觉你是输入文件搞错了吧?
有些事情可能只有计算机模拟能告诉我们答案
2楼2014-12-04 23:52:06
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wangyulinup

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by oxox6085 at 2014-12-04 23:52:06
单机可以机群不可以?感觉你是输入文件搞错了吧?

大师,是的,单机上能正常计算的作业,机群上一开始计算OUTPUT就显示error-65。输入文件,我用的是单机上能正确计算的输入文件,我想应该没搞错的。我想可能是不是机群计算对于体系的要求高,或者别的原因。
3楼2014-12-05 09:55:28
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老虎大王

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

你再试试,要保证单机和集群上用的完全相同的输入文件。或者你在集群上用串行方式运行,看看和并行方式运行结果有什么不同。
4楼2014-12-08 21:50:15
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wangyulinup

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-12-08 21:50:15
你再试试,要保证单机和集群上用的完全相同的输入文件。或者你在集群上用串行方式运行,看看和并行方式运行结果有什么不同。

大王,输入文件保证全同。晚辈追问两个问题,1,对于error—65,,大王你有何建议??2..具体来讲,CaCl2、LiCl体系可以成功计算,其余CaCO3、MgSO4及氨基酸的水体系则提交作业后立马出现error—65。大师,能否根据此线索找到具体原因。我有些怀疑是势函数所致!

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-12-09 00:19:31
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老虎大王

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyulinup at 2014-12-09 00:19:31
大王,输入文件保证全同。晚辈追问两个问题,1,对于error—65,,大王你有何建议??2..具体来讲,CaCl2、LiCl体系可以成功计算,其余CaCO3、MgSO4及氨基酸的水体系则提交作业后立马出现error—65。大师,能否根据 ...

检查FIELD文件啊。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2014-12-09 17:47:25
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wangyulinup

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-12-09 17:47:25
检查FIELD文件啊。...

好的,大王!!谢大王!!
7楼2014-12-09 17:56:30
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wangyulinup

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-12-09 17:47:25
检查FIELD文件啊。...

大王,我是初手,看了好几天FIELD,还是看不出原因来。目前CaCl2、MgCl2、LiCl体系在机群上都可以正常计算,但CaCO3 体系一开始提交作业就出现error-65,却可以在单机上正常计算(计算速度特别慢)。
大王,我将CaCl2、MgCl2、LiCl及CaCO3的FIELD附于附件中,恳请您帮忙看看,以寻到CaCO3体系不能正常计算的原因。我将万分感激!!
DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!!-3
MgSO4-600w---FIELD.jpg


DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!!-4
1CaCl2-600w---FIELD.jpg


DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!!-5
1CaCO3-20000w----FIELD.jpg


DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!!-6
1LiCl-1200w----FIELD.jpg


DL_POLY计算error-65,恳请大师出手相助,拜上!!-7
80MgCl2-1000w---FIELD.jpg

8楼2014-12-12 17:13:40
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老虎大王

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyulinup at 2014-12-12 17:13:40
大王,我是初手,看了好几天FIELD,还是看不出原因来。目前CaCl2、MgCl2、LiCl体系在机群上都可以正常计算,但CaCO3 体系一开始提交作业就出现error-65,却可以在单机上正常计算(计算速度特别慢)。
大王,我将C ...

你先去掉caco3里面的constrain,试试。
9楼2014-12-13 20:28:31
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wangyulinup

金虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-12-13 20:28:31
你先去掉caco3里面的constrain,试试。...

大王,非常感谢您。去掉constraint 后,error-65没了,可以正常计算了。但是,去掉constraint后就出现了我一直较头疼的error-105!!不过还是非常感谢大王您帮我解决了error-65,再谢大王!!
10楼2014-12-13 22:09:23
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