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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！
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wangyulinup

金虫 (正式写手)

[求助] DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！ 已有1人参与

本人，小硕一枚，模拟初手，用DL_POLY做MD。原先用实验室单机使用DL_POLY4.03 做MD计算，但实在是太慢。最近最老师在尝试在机群上安装了DL_POLY4.04，让我尝试做MD 计算，我倍感高兴，计算速度提高了很多倍。。但有些作业能正常计算算得相当快很给力，但问题是，也有些作业提交后都没开始计算立马会出现error-65 ，如图1。
       关于error-65，我找到了DL_POLY4.03与DL_POLY 2两个版本的手册，相应的解释分别如下截图（图2，图3）。根据手册，多次尝试想修改子程序，但本人程序功底实在太差，因此，只能裹足不前，眼睁睁的看着伟大的机群，却只能在单机上耗。。。现发此贴恳请大师出手相助，晚辈将感激不尽！

DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！
图1.jpg


DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！-1
图2.jpg


DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！-2
图3.jpg
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1楼 2014-12-04 21:18:34
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oxox6085

专家顾问 (正式写手)
单机可以机群不可以？感觉你是输入文件搞错了吧?
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有些事情可能只有计算机模拟能告诉我们答案
2楼2014-12-04 23:52:06
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by oxox6085 at 2014-12-04 23:52:06
单机可以机群不可以？感觉你是输入文件搞错了吧?

大师，是的，单机上能正常计算的作业，机群上一开始计算OUTPUT就显示error-65。输入文件，我用的是单机上能正确计算的输入文件，我想应该没搞错的。我想可能是不是机群计算对于体系的要求高，或者别的原因。
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3楼2014-12-05 09:55:28
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老虎大王

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

你再试试，要保证单机和集群上用的完全相同的输入文件。或者你在集群上用串行方式运行，看看和并行方式运行结果有什么不同。
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4楼2014-12-08 21:50:15
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-12-08 21:50:15
你再试试，要保证单机和集群上用的完全相同的输入文件。或者你在集群上用串行方式运行，看看和并行方式运行结果有什么不同。

大王，输入文件保证全同。晚辈追问两个问题，1，对于error—65,，大王你有何建议？？2..具体来讲，CaCl2、LiCl体系可以成功计算，其余CaCO3、MgSO4及氨基酸的水体系则提交作业后立马出现error—65。大师，能否根据此线索找到具体原因。我有些怀疑是势函数所致！

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-12-09 00:19:31
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老虎大王

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyulinup at 2014-12-09 00:19:31
大王，输入文件保证全同。晚辈追问两个问题，1，对于error—65,，大王你有何建议？？2..具体来讲，CaCl2、LiCl体系可以成功计算，其余CaCO3、MgSO4及氨基酸的水体系则提交作业后立马出现error—65。大师，能否根据 ...

检查FIELD文件啊。
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wangyulinup
6楼2014-12-09 17:47:25
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-12-09 17:47:25
检查FIELD文件啊。...

好的，大王！！谢大王！！
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7楼2014-12-09 17:56:30
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-12-09 17:47:25
检查FIELD文件啊。...

大王，我是初手，看了好几天FIELD，还是看不出原因来。目前CaCl2、MgCl2、LiCl体系在机群上都可以正常计算，但CaCO3 体系一开始提交作业就出现error-65，却可以在单机上正常计算（计算速度特别慢）。
大王，我将CaCl2、MgCl2、LiCl及CaCO3的FIELD附于附件中，恳请您帮忙看看，以寻到CaCO3体系不能正常计算的原因。我将万分感激！！
DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！-3
MgSO4-600w---FIELD.jpg


DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！-4
1CaCl2-600w---FIELD.jpg


DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！-5
1CaCO3-20000w----FIELD.jpg


DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！-6
1LiCl-1200w----FIELD.jpg


DL_POLY计算error-65，恳请大师出手相助，拜上！！-7
80MgCl2-1000w---FIELD.jpg
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8楼2014-12-12 17:13:40
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老虎大王

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyulinup at 2014-12-12 17:13:40
大王，我是初手，看了好几天FIELD，还是看不出原因来。目前CaCl2、MgCl2、LiCl体系在机群上都可以正常计算，但CaCO3 体系一开始提交作业就出现error-65，却可以在单机上正常计算（计算速度特别慢）。
大王，我将C ...

你先去掉caco3里面的constrain，试试。
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9楼2014-12-13 20:28:31
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-12-13 20:28:31
你先去掉caco3里面的constrain，试试。...

大王，非常感谢您。去掉constraint 后，error-65没了，可以正常计算了。但是，去掉constraint后就出现了我一直较头疼的error-105！！不过还是非常感谢大王您帮我解决了error-65，再谢大王！！
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10楼2014-12-13 22:09:23
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