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xueyutianj

新虫 (小有名气)

[求助] 退火的问题

各位前辈好,

我现在有寡核苷酸链2A和2B,长都是26个碱基,其实2B就是包含了两段13个碱基的重复序列,每段序列命名为B,2A也一样。然后我合成了互补片段A*B*,和B*A*, 长度都是26个碱基,想通过这个互补片段把前面的2A和2B连起来,就是想要连着的AA BB AA ~~~, 用 A*B* B*A* 与之互补配对,形成双链无所谓,希望这条链越长越好,可我现在不知道怎么做退火,试了下,貌似不行。

我的方法是: 取等量的2A 2B A*B* B*A*, 就是从原液里取的(100 uM), 离心管混合后,放到沸水里加热5分钟,然后关掉电磁炉,自然冷却到室温,厂家提供的Tm是38度,室温大概15度。buffer 是10 mM 的TE,外加50mM NaCl

后来电泳结果条带位置很前,貌似是没做出来或者形成的链很短

这个退火对我下一步实验超级超级重要,大家能给我点建议吗?
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cory0931

至尊木虫 (文坛精英)

巫山云

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-12-04 10:41:06
直接合成长链呗!
要所长合成多长都可以,几百几千的现在也不是太难的事,够你下游试验就行了;
比如说200bp也就是接近8个重复;
或者直接和300bp,在两端加两条引物,合成完了以后做一下PCR,想扩多少扩多少;
锤之千古
2楼2014-12-03 20:26:08
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xueyutianj

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cory0931 at 2014-12-03 20:26:08
直接合成长链呗!
要所长合成多长都可以,几百几千的现在也不是太难的事,够你下游试验就行了;
比如说200bp也就是接近8个重复;
或者直接和300bp,在两端加两条引物,合成完了以后做一下PCR,想扩多少扩多少;

不是  我是拿DNA 作材料的,我上面讲的只是个类似的设计,事实上我要的DNA长链中间必须每隔一段就得有一段单链,这个单链对我的实验非常重要,所以不能PCR, 合成也合不出这样的,而且我需要的链长至少是1万个碱基。。。。
3楼2014-12-03 21:53:18
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cory0931

至尊木虫 (文坛精英)

巫山云

引用回帖:
3楼: Originally posted by xueyutianj at 2014-12-03 21:53:18
不是  我是拿DNA 作材料的,我上面讲的只是个类似的设计,事实上我要的DNA长链中间必须每隔一段就得有一段单链,这个单链对我的实验非常重要,所以不能PCR, 合成也合不出这样的,而且我需要的链长至少是1万个碱基 ...

额哦,高精尖啊;
入行了,就慢慢琢磨吧,超出我的范围了;
锤之千古
4楼2014-12-03 22:46:06
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