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leijincheng金虫 (小有名气)
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lammps计算聚合物并行困难 已有1人参与
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本人用lammps在做聚乙烯与二氧化硅模型的并行模拟中，总是会经常出现bond/angle/dihedral atom .... missing on proc % at step %这一堆问题，但是当我把计算用的核数改小，甚至改到只用一个核计算的时候才能完整的进行下去，大家有没有知道这是为什么的啊？为什么在并行的时候处理键，键角，二面角的时候会出现串行计算中没有的问题？会不会是lammps本身的缺陷？ 需要说明的是lammps中对于bond atom % % missing 这一类的解释是键原子相互飞的太远或者是截断半径太短。截断半径一般没什么大问题，出现这类错误一般为模型设置不合理，初始构型中原子相距太近导致迭代几步后键原子就飞了。所以当单核都计算不通过的话就应该是初始构型不对了。 上面所说的问题其实在单单计算聚乙烯时没有出现，但一旦加上二氧化硅之后就各种出错，不知道这到底是为什么... |
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leijincheng
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3楼2014-11-24 16:43:58
lsloneil
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这一般不是lammps的问题，是你的初始构型或者设置有问题。 设置的问题你只能自己慢慢去查，比如减小timestep来逐步观察。如果你初始构型能量太高，尝试用很小的timestep，或者先使用minimize命令先优化一下构型。 |
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2楼2014-11-24 15:49:45
