应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 请问LAMMPS中可以对体系氢键进行计算统计吗？
71/1返回列表
查看: 3591  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

[交流] 请问LAMMPS中可以对体系氢键进行计算统计吗？ 已有5人参与

首先我想请问一个水的模型，不管是tip3p还是tip4p，选取合适的势函数以后力场里面包含了氢键作用么？
建模的时候当然只建立了H-0键，但是氢键的定义应该是以氧原子为圆心，一定半径和角度里能找到非H-O键连接的H原子就可以吧，
我觉得这个功能LAMMPS计算起来应该不难的，
所以想请问lammps自带的功能里面有统计氢键这样的命令吗，比如compute，或者dump里面有相关命令吗，我手册貌似没有发现不过也可能是我看得不够仔细
还请大神指点。

又或者用后处理软件，比如ovito或者vmd来处理lammps的输出数据
vmd里面倒是有氢键统计，在模型可视化里也有Hbond显示，但是我输出的模型（好几个）既看不到氢键，也无法统计出氢键数
不知道是我使用VMD方法不得要领，还是LAMMPS是不考虑氢键的？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-11-19 22:20:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
求指点……
回复此楼
2楼2014-11-22 20:55:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ysshj

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如果模型了用了pair_style hbond/dreiding/lj等描述氢键，
那好像可以用compute  pair hbond/dreiding/lj统计氢键数量和能量，
但是不知道pair_style hbond/dreiding/lj描述的准不准，
我对里面的参数设置也感觉有疑惑。
赞一下 回复此楼
一个人要像一支队伍。
3楼2014-12-03 14:42:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

零度不结冰

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
首先我想请问一个水的模型，不管是tip3p还是tip4p，选取合适的势函数以后力场里面包含了氢键作用么？

最近遇到这个问题，不过想一下很多人用这个TIP3P或者TIP4P的模型参数进行水的性质计算，自然是其参数已经优化考虑了氢键的综合作用，如果专门要区分氢键作用的影响，应该找另外包含氢键的模型。
赞一下 回复此楼
我的态度决定我的高度。
4楼2015-05-21 16:19:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaopopo_1

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
求问楼主最后怎么解决的关于氢键的问题
赞一下 回复此楼
5楼2019-03-11 15:16:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

S-Loser

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Ms里面应该可以吧

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2019-03-11 18:04:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

志远T

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主解决了吗？因为我也想算一下氢键，但是直接用轨迹文件在VMD里操作不可以，是之前还需要计算一些什么信息吗？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
7楼2020-09-05 12:44:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Luv_XiaoMian 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 0703化学调剂 +5 妮妮ninicgb 2026-03-15 8/400 2026-03-16 14:44 by 可淡不可忘
[考研] 309求调剂 +5 花与叶@ 2026-03-10 5/250 2026-03-16 14:13 by 哦哦123
[考研] 304求调剂 +3 ahbd 2026-03-14 3/150 2026-03-16 13:05 by Iveryant
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 化学调剂0703 +7 啊我我的 2026-03-11 7/350 2026-03-15 23:03 by 凌千颂111
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +6 一鸭鸭哟 2026-03-14 7/350 2026-03-15 22:12 by Winj1e
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 26考研调剂 +3 ying123. 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:18 by JourneyLucky
[考研] 复试调剂 +9 Copy267 2026-03-10 9/450 2026-03-13 23:45 by userper
[考研] 求调剂（材料与化工327） +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 【0856】化学工程（085602）313 分，本科学科评估A类院校化学工程与工艺，诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:06 by ruiyingmiao
[考研] 304求调剂（085602一志愿985） +12 化工人999 2026-03-09 12/600 2026-03-13 12:02 by JourneyLucky
[考研] 296求调剂 +3 大口吃饭 身体健 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:31 by 学员8dgXkO
[考研] 321求调剂（食品/专硕） +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭