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请问LAMMPS中可以对体系氢键进行计算统计吗？ 已有5人参与
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首先我想请问一个水的模型，不管是tip3p还是tip4p，选取合适的势函数以后力场里面包含了氢键作用么？ 建模的时候当然只建立了H-0键，但是氢键的定义应该是以氧原子为圆心，一定半径和角度里能找到非H-O键连接的H原子就可以吧， 我觉得这个功能LAMMPS计算起来应该不难的， 所以想请问lammps自带的功能里面有统计氢键这样的命令吗，比如compute，或者dump里面有相关命令吗，我手册貌似没有发现不过也可能是我看得不够仔细 还请大神指点。 又或者用后处理软件，比如ovito或者vmd来处理lammps的输出数据 vmd里面倒是有氢键统计，在模型可视化里也有Hbond显示，但是我输出的模型（好几个）既看不到氢键，也无法统计出氢键数 不知道是我使用VMD方法不得要领，还是LAMMPS是不考虑氢键的？ |
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