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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 请问LAMMPS中可以对体系氢键进行计算统计吗？
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

[交流] 请问LAMMPS中可以对体系氢键进行计算统计吗？ 已有5人参与

首先我想请问一个水的模型，不管是tip3p还是tip4p，选取合适的势函数以后力场里面包含了氢键作用么？
建模的时候当然只建立了H-0键，但是氢键的定义应该是以氧原子为圆心，一定半径和角度里能找到非H-O键连接的H原子就可以吧，
我觉得这个功能LAMMPS计算起来应该不难的，
所以想请问lammps自带的功能里面有统计氢键这样的命令吗，比如compute，或者dump里面有相关命令吗，我手册貌似没有发现不过也可能是我看得不够仔细
还请大神指点。

又或者用后处理软件，比如ovito或者vmd来处理lammps的输出数据
vmd里面倒是有氢键统计，在模型可视化里也有Hbond显示，但是我输出的模型（好几个）既看不到氢键，也无法统计出氢键数
不知道是我使用VMD方法不得要领，还是LAMMPS是不考虑氢键的？
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1楼 2014-11-19 22:20:46
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
求指点……
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2楼2014-11-22 20:55:29
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ysshj

金虫 (小有名气)
★
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如果模型了用了pair_style hbond/dreiding/lj等描述氢键，
那好像可以用compute  pair hbond/dreiding/lj统计氢键数量和能量，
但是不知道pair_style hbond/dreiding/lj描述的准不准，
我对里面的参数设置也感觉有疑惑。
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一个人要像一支队伍。
3楼2014-12-03 14:42:23
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零度不结冰

新虫 (小有名气)
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首先我想请问一个水的模型，不管是tip3p还是tip4p，选取合适的势函数以后力场里面包含了氢键作用么？

最近遇到这个问题，不过想一下很多人用这个TIP3P或者TIP4P的模型参数进行水的性质计算，自然是其参数已经优化考虑了氢键的综合作用，如果专门要区分氢键作用的影响，应该找另外包含氢键的模型。
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我的态度决定我的高度。
4楼2015-05-21 16:19:07
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yaopopo_1

新虫 (初入文坛)
★
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求问楼主最后怎么解决的关于氢键的问题
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5楼2019-03-11 15:16:47
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S-Loser

新虫 (正式写手)
★
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Ms里面应该可以吧

发自小木虫Android客户端
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6楼2019-03-11 18:04:30
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志远T

新虫 (初入文坛)
★
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请问楼主解决了吗？因为我也想算一下氢键，但是直接用轨迹文件在VMD里操作不可以，是之前还需要计算一些什么信息吗？

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7楼2020-09-05 12:44:13
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