应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 结果与文献不相符，是哪里出问题?
11/1返回列表
查看: 603  |  回复: 0
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

joyce79928

铜虫 (小有名气)

[求助] 结果与文献不相符，是哪里出问题?

我想要做出这篇'Origin Of Current-Induced Forces In An Atomic Gold Wire: A First Principles Study'文献中的结果，力的结果中我得到了相同的趋势，但力的值却与文献相差不少。这会是哪里出了问题?以下是我的输入档:
任何意见都可以提出!!谢谢

Elec:
SystemName  Elec-Au
SystemLabel Elec-Au

# Atomic coordinates
NumberOfAtoms 018
AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.00000000         1.77345822         0.00000000         1
3.07172169         1.77345822         0.00000000         1
6.14344338         1.77345822         0.00000000         1
1.53586084         4.43364706         0.00000000         1
3.07172169         7.09383590         0.00000000         1
4.60758253         4.43364706         0.00000000         1
6.14344338         7.09383590         0.00000000         1
7.67930422         4.43364706         0.00000000         1
9.21516507         7.09383590         0.00000000         1
-1.53586084         0.88672961         2.50127158         1
1.53586084         0.88672961         2.50127158         1
4.60758253         0.88672961         2.50127158         1
0.00000000         3.54691845         2.50127158         1
1.53586084         6.20710728         2.50127158         1
3.07172169         3.54691845         2.50127158         1
4.60758253         6.20710728         2.50127158         1
6.14344338         3.54691845         2.50127158         1
7.67930422         6.20710728         2.50127158         1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

# UNIT CELL
LatticeConstant       1.0 Ang
%block LatticeVectors
9.21529607         0.00000000         0.00000000
4.60764854         7.98068051         0.00000000
0.00000000         0.00000000  4.99155000  
%endblock LatticeVectors


# K-points

%block kgrid_Monkhorst_Pack
1   0   0   0.0
0   1   0   0.0
0   0   10   0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack


# Chemical species

NumberOfSpecies 1
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  79 Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

# Basis set variables
PAO.BasisType split
PAO.BasisSize SZP
PAO.energyshift  0.005  Ry
PAO.BasisType   split

# General variables

ElectronicTemperature  300 K
SolutionMethod    diagon
MeshCutoff           200. Ry
xc.functional         LDA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            CA
SpinPolarized false
          # Exchange-correlation version

# SCF variables

DM.MixSCF1   T
MaxSCFIterations      100           # Maximum number of SCF iter
DM.MixH               T   
DM.MixingWeight       0.03          # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberPulay         6
OccupationFunction     MP

# MD variables

MD.FinalTimeStep 1
MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGsteps     000
MD.UseSaveXV     .true.

# Output variables

WriteMullikenPop                1
WriteBands                      .false.
SaveRho                         .false.
SaveDeltaRho                    .false.
SaveHS                          .false.
SaveElectrostaticPotential      no
SaveTotalPotential              no
WriteCoorXmol                   .true.
WriteMDXmol                     .true.
WriteMDhistory                  .false.
WriteEigenvalues                yes

scatter:
SystemName  BDT-Au-1K
SystemLabel BDT-Au-1K


TS.SaveHS   .true.
TS.SaveLead .true.

# ATOMIC POSITIONS
# Atomic coordinates
NumberOfAtoms 84
AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.00000000         0.00000000         0.00000000         1
3.07172169         0.00000000         0.00000000         1
6.14344338         0.00000000         0.00000000         1
1.53586084         2.66018884         0.00000000         1
3.07172169         5.32037767         0.00000000         1
4.60758253         2.66018884         0.00000000         1
6.14344338         5.32037767         0.00000000         1
7.67930422         2.66018884         0.00000000         1
9.21516507         5.32037767         0.00000000         1
0.00000000         1.77345822         2.50127458         1
3.07172169         1.77345822         2.50127458         1
6.14344338         1.77345822         2.50127458         1
1.53586084         4.43364706         2.50127458         1
3.07172169         7.09383590         2.50127458         1
4.60758253         4.43364706         2.50127458         1
6.14344338         7.09383590         2.50127458         1
7.67930422         4.43364706         2.50127458         1
9.21516507         7.09383590         2.50127458         1
-1.53586084         0.88672961         5.00254615         1
1.53586084         0.88672961         5.00254615         1
4.60758253         0.88672961         5.00254615         1
0.00000000         3.54691845         5.00254615         1
1.53586084         6.20710728         5.00254615         1
3.07172169         3.54691845         5.00254615         1
4.60758253         6.20710728         5.00254615         1
6.14344338         3.54691845         5.00254615         1
7.67930422         6.20710728         5.00254615         1
0.00000100         0.00000000         7.49282457         1
3.07172169         0.00000000         7.49282457         1
6.14344338         0.00000000         7.49282457         1
1.53586084         2.66018884         7.49282557         1
3.07172169         5.32037767         7.49282557         1
4.60758253         2.66018884         7.49282557         1
6.14344238         5.32037767         7.49282557         1
7.67930422         2.66018884         7.49282557         1
9.21516507         5.32037767         7.49282557         1
0.00000000         1.77345822         10.00842135         1
3.07172169         1.77345822         10.00842135         1
6.14344338         1.77345822         10.00842135         1
1.53586184         4.43364706         10.00842135         1
3.07172269         7.09383590         10.00842135         1
4.60758353         4.43364706         10.00842135         1
6.14344438         7.09383590         10.00842135         1
7.67930522         4.43364706         10.00842135         1
9.21516507         7.09383590         10.00842135         1
3.07172234         3.54691955         12.42011351         1
3.07172280         3.54691895         15.36850129         1
3.07172241         3.54691961         18.31689056         1
0.00000000         1.77345822         20.72857382         1
3.07172169         1.77345822         20.72857382         1
6.14344338         1.77345822         20.72857382         1
1.53586184         4.43364706         20.72857382         1
3.07172269         7.09383590         20.72857382         1
4.60758353         4.43364706         20.72857382         1
6.14344438         7.09383590         20.72857382         1
7.67930522         4.43364706         20.72857382         1
9.21516507         7.09383590         20.72857382         1
0.00000100         0.00000000         23.24416960         1
3.07172169         0.00000000         23.24416960         1
6.14344338         0.00000000         23.24416960         1
1.53586084         2.66018884         23.24416960         1
3.07172169         5.32037767         23.24416960         1
4.60758253         2.66018884         23.24416960         1
6.14344238         5.32037767         23.24416960         1
7.67930422         2.66018884         23.24416960         1
9.21516507         5.32037767         23.24416960         1
-1.53586084         0.88672961         25.73444802         1
1.53586084         0.88672961         25.73444802         1
4.60758253         0.88672961         25.73444802         1
0.00000000         3.54691845         25.73444802         1
1.53586084         6.20710728         25.73444802         1
3.07172169         3.54691845         25.73444802         1
4.60758253         6.20710728         25.73444802         1
6.14344338         3.54691845         25.73444802         1
7.67930422         6.20710728         25.73444802         1
0.00000000         1.77345822         28.23571960         1
3.07172169         1.77345822         28.23571960         1
6.14344338         1.77345822         28.23571960         1
1.53586084         4.43364706         28.23571960         1
3.07172169         7.09383590         28.23571960         1
4.60758253         4.43364706         28.23571960         1
6.14344338         7.09383590         28.23571960         1
7.67930422         4.43364706         28.23571960         1
9.21516507         7.09383590         28.23571960         1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

# UNIT CELL
LatticeConstant       1.0 Ang
%block LatticeVectors
9.21529607         0.00000000         0.00000000
4.60764854         7.98068051         0.00000000
0.00000000         0.00000000 30.73699118
%endblock LatticeVectors


# K-points

%block kgrid_Monkhorst_Pack
4   0   0   0.0
0   4   0   0.0
0   0   4   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack


# Chemical species

NumberOfSpecies 1
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  79 Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

# Basis set variables

PAO.BasisType split
PAO.BasisSize    SZP
PAO.BasisType                   split           # Type of basis ('nones', 'nonodes', 'split')
PAO.energyshift    0.005  Ry

# General variables

ElectronicTemperature  300 K

SolutionMethod transiesta
MeshCutoff           200. Ry
xc.functional         LDA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            CA
SpinPolarized false
          # Exchange-correlation version

# SCF variables

DM.MixSCF1   T
MaxSCFIterations      100           # Maximum number of SCF iter
DM.MixH               T   
DM.MixingWeight       0.03          # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberPulay         5
OccupationFunction     MP

# MD variables

MD.FinalTimeStep 1
MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGsteps     000
#%block GeometryConstraints
#position from 1 to 36
#position from 41 to 85
#%endblock GeometryConstraints
MD.UseSaveXV     .true.
UseSaveData   .true.

# Output variables

WriteMullikenPop                1
WriteBands                      .false.
SaveRho                         .false.
SaveDeltaRho                    .false.
SaveHS                          .true.
SaveElectrostaticPotential      no
SaveTotalPotential              no
WriteCoorXmol                   .true.
WriteMDXmol                     .true.
WriteMDhistory                  .false.
WriteEigenvalues                yes

TS.Voltage 2.0 eV
TS.biasContour.NumPoints  100
TS.biasContour.Eta 0.001 eV
SaveTotalPotential T
SaveRho T
SaveElectrostaticPotential T

#------------------------------------
# ELECTRODES
# -----------------------------------
# LEFT ELECTRODE
TS.HSFileLeft '../../elec/4x4/Elec-Au.TSHS'
TS.NumUsedAtomsLeft  18
TS.BufferAtomsLeft  9
# RIGHT ELECTRODE
TS.HSFileRight  '../../elecCBA/4x4/Elec-Au.TSHS'
TS.NumUsedAtomsRight  18

结果与文献不相符，是哪里出问题?
Prof. Brandbyge's result.png


结果与文献不相符，是哪里出问题?-1
my_result.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼2014-11-16 20:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 joyce79928 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭