应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】请问怎样在MS中计算氢键长度？
51/1返回列表
查看: 1086  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

hanbao

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问怎样在MS中计算氢键长度？

我在一篇文献中看到一个晶体结构，关于氢键长度是这样写的：N-H...O :2.89，可是我用MS将其晶体输入后，计算其中H和O的距离仅为1.804，
请问氢键的测量在MS中应该怎么去计算呢？
谢谢！

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 17:07 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-05-12 14:12:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

goodman959

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
个人经验，实验值和模拟计算值不应该差1埃以上这么多，可能是楼主没有进行优化，与测量的结构不是最稳态有关，键长测量就是用DISTANCE，无论是否是氢键，没有其他方法
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-05-14 20:19:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

hanbao

银虫 (小有名气)
自己顶一下，氢键长度是指电子受体氢原子与电子给体如氧原子之间的距离吗，
在MS里，是不是用distance工具量下两者间的距离，就是氢键长度？
赞一下 回复此楼
2楼2008-05-14 14:37:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxmn

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):3q
引用回帖:
Originally posted by hanbao at 2008-5-12 14:12:
我在一篇文献中看到一个晶体结构，关于氢键长度是这样写的：N-H...O :2.89，可是我用MS将其晶体输入后，计算其中H和O的距离仅为1.804，
请问氢键的测量在MS中应该怎么去计算呢？
谢谢！

MS opt对结构的预测肯定会和实验或者其他软件得到的键长有误差.氢键的键长和其他的两个原子之间的键长定义是一样的.
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2008-05-14 18:54:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭