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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】请问怎样在MS中计算氢键长度？
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hanbao

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问怎样在MS中计算氢键长度？

我在一篇文献中看到一个晶体结构，关于氢键长度是这样写的：N-H...O :2.89，可是我用MS将其晶体输入后，计算其中H和O的距离仅为1.804，
请问氢键的测量在MS中应该怎么去计算呢？
谢谢！

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 17:07 ]
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1楼 2008-05-12 14:12:26
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lxmn

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):3q
引用回帖:
Originally posted by hanbao at 2008-5-12 14:12:
我在一篇文献中看到一个晶体结构，关于氢键长度是这样写的：N-H...O :2.89，可是我用MS将其晶体输入后，计算其中H和O的距离仅为1.804，
请问氢键的测量在MS中应该怎么去计算呢？
谢谢！

MS opt对结构的预测肯定会和实验或者其他软件得到的键长有误差.氢键的键长和其他的两个原子之间的键长定义是一样的.
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3楼2008-05-14 18:54:30
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hanbao

银虫 (小有名气)
自己顶一下，氢键长度是指电子受体氢原子与电子给体如氧原子之间的距离吗，
在MS里，是不是用distance工具量下两者间的距离，就是氢键长度？
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2楼2008-05-14 14:37:10
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goodman959

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
个人经验，实验值和模拟计算值不应该差1埃以上这么多，可能是楼主没有进行优化，与测量的结构不是最稳态有关，键长测量就是用DISTANCE，无论是否是氢键，没有其他方法
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4楼2008-05-14 20:19:53
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