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hanbao

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问怎样在MS中计算氢键长度?

我在一篇文献中看到一个晶体结构,关于氢键长度是这样写的:N-H...O :2.89,可是我用MS将其晶体输入后,计算其中H和O的距离仅为1.804,
请问氢键的测量在MS中应该怎么去计算呢?
谢谢!

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 17:07 ]
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hanbao

银虫 (小有名气)

自己顶一下,氢键长度是指电子受体氢原子与电子给体如氧原子之间的距离吗,
在MS里,是不是用distance工具量下两者间的距离,就是氢键长度?
2楼2008-05-14 14:37:10
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lxmn

木虫 (小有名气)


★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):3q
引用回帖:
Originally posted by hanbao at 2008-5-12 14:12:
我在一篇文献中看到一个晶体结构,关于氢键长度是这样写的:N-H...O :2.89,可是我用MS将其晶体输入后,计算其中H和O的距离仅为1.804,
请问氢键的测量在MS中应该怎么去计算呢?
谢谢!

MS opt对结构的预测肯定会和实验或者其他软件得到的键长有误差.氢键的键长和其他的两个原子之间的键长定义是一样的.
3楼2008-05-14 18:54:30
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goodman959

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
个人经验,实验值和模拟计算值不应该差1埃以上这么多,可能是楼主没有进行优化,与测量的结构不是最稳态有关,键长测量就是用DISTANCE,无论是否是氢键,没有其他方法
4楼2008-05-14 20:19:53
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