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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】问题已经解决。谢谢sunmuer 兄弟。请版主帮手转移金币。谢谢
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yqlyql

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】问题已经解决。谢谢sunmuer 兄弟。请版主帮手转移金币。谢谢

各位朋友，我使用随机噬菌体12肽库找到了一堆和已知的受体结合的12肽，现在想进一步分析其亲和力，受体的PDB文件已经找到了，但是我在12肽库中找的短肽由于不曾有过，所以找不到pdb文件，不知道大家有什么办法解决。
谢谢了。

[ Last edited by yqlyql on 2008-5-13 at 13:29 ]
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1楼 2008-05-12 06:05:21
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):鼓励新人
个人认为，Autodock对于多肽－受体之间的计算支持并不是很好。尤其是12肽这么大的配体。其计算的亲和性数据参考价值不大。你可以采用别的软件来代替，比如可以用protein－protein相关的软件。
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6楼2008-05-13 09:22:32
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sunmuer

木虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
你可以自己画一个12肽,也就是自己建模,然后保存成PDB格式的.最好建模以后,优化一下.
这类建模的工具应该有不少免费的.
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出清水而不染
2楼2008-05-12 06:50:52
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yqlyql

银虫 (小有名气)
是啊，只是我是学医学的，对这些空间结构实在不懂，各位能不能帮手画一下，
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/
我知道这个地方可以画。

我的多肽是线性的
HYGMTHPNTMSH  和  SPGLSLVSHMQT
谢谢了
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3楼2008-05-12 11:39:27
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yqlyql

银虫 (小有名气)
各位兄弟，能不能帮帮忙阿
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4楼2008-05-12 22:02:52
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