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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yqlyql

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】问题已经解决。谢谢sunmuer 兄弟。请版主帮手转移金币。谢谢

各位朋友,我使用随机噬菌体12肽库找到了一堆和已知的受体结合的12肽,现在想进一步分析其亲和力,受体的PDB文件已经找到了,但是我在12肽库中找的短肽由于不曾有过,所以找不到pdb文件,不知道大家有什么办法解决。
谢谢了。

[ Last edited by yqlyql on 2008-5-13 at 13:29 ]
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sunmuer

木虫 (小有名气)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
你可以自己画一个12肽,也就是自己建模,然后保存成PDB格式的.最好建模以后,优化一下.
这类建模的工具应该有不少免费的.
出清水而不染
2楼2008-05-12 06:50:52
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yqlyql

银虫 (小有名气)

是啊,只是我是学医学的,对这些空间结构实在不懂,各位能不能帮手画一下,
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/
我知道这个地方可以画。

我的多肽是线性的
HYGMTHPNTMSH  和  SPGLSLVSHMQT
谢谢了
3楼2008-05-12 11:39:27
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yqlyql

银虫 (小有名气)

各位兄弟,能不能帮帮忙阿
4楼2008-05-12 22:02:52
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sunmuer

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
zzgyb(金币+50,VIP+0):谢谢你的帮助,楼主奖励你,欢迎继续关注计算模拟版!
引用回帖:
Originally posted by yqlyql at 2008-5-12 11:39:
是啊,只是我是学医学的,对这些空间结构实在不懂,各位能不能帮手画一下,
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/
我知道这个地方可以画。

我的多肽是线性的
HYGMTHPNTMSH  和  ...

在附件里,2个pdb文件。
出清水而不染
5楼2008-05-13 07:39:10
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):鼓励新人
个人认为,Autodock对于多肽-受体之间的计算支持并不是很好。尤其是12肽这么大的配体。其计算的亲和性数据参考价值不大。你可以采用别的软件来代替,比如可以用protein-protein相关的软件。
6楼2008-05-13 09:22:32
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yqlyql

银虫 (小有名气)

谢谢sunmuer,我想sunmuer兄弟主要是出于一种助人的心来帮助我,并不是为金币而来,非常感谢。
请斑竹帮手转移金币。谢谢
同时也谢谢 chemhz 的建议
7楼2008-05-13 13:26:25
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