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zhangmao511铁虫 (小有名气)
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膜蛋白模拟，能量最小化无法收敛的问题！！
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这2天，在做膜蛋白模拟的时候碰到一个问题，查了半天也没解决。我用的POPE做膜，POPE bilayer with 340 lipids，然后把我的蛋白嵌进去。 在嵌蛋白的过程中，我是用inflategro.pl做的，先体积膨胀4个scaling factor，再能量最小化；再体积收缩0.95个scaling factor，不停的收缩直到area per lipid达到71 Å2。 但是在膨胀后的能量最小化的时候，无法收敛。。 如图1：  图1.jpg 按照上面的指示，9600和9606这2个原子的F max一下子升到了e+13次方。我查了一下这2个原子，是P上的氧原子和另外的H原子。然后，我查了一下，有教程这样说： 如图2：  图2.jpg 我猜测是Add [ exclusions ] 这种情况，所以在我的topol.top文件后面加上了： [ exclusions ] ;atom1 atom2 9606 9600 如图3：  图3.jpg 但是，发现还是能量最小化无法收敛，依然在atom=9600那一步Fmax陡然上升到e+13次方。 不知道，大侠们能不能给一点指点，感谢！！  |
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zhangmao511
铁虫 (小有名气)
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