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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
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在线: 29.7小时
虫号: 2553312
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性别: GG
专业: 蛋白质组学

[求助] 膜蛋白模拟，能量最小化无法收敛的问题！！

这2天，在做膜蛋白模拟的时候碰到一个问题，查了半天也没解决。我用的POPE做膜，POPE bilayer with 340 lipids，然后把我的蛋白嵌进去。
在嵌蛋白的过程中，我是用inflategro.pl做的，先体积膨胀4个scaling factor，再能量最小化；再体积收缩0.95个scaling factor，不停的收缩直到area per lipid达到71 Å2。
但是在膨胀后的能量最小化的时候，无法收敛。。
如图1：

图1.jpg

按照上面的指示，9600和9606这2个原子的F max一下子升到了e+13次方。我查了一下这2个原子，是P上的氧原子和另外的H原子。然后，我查了一下，有教程这样说：
如图2：